در 22 ژوئیه 1942، شب نهم ماه عبری آو، آلمانها عملیات اخراج گسترده از گتوی ورشو را آغاز کردند. ابتدا آوارگان، بیماران و بی خانمان ها و سپس افراد بی کار اخراج شدند. عملیات اخراج تا 21 سپتامبر ادامه یافت و در خلال آن 260,000 نفر به اردوگاهتربلینکا فرستاده شده و آنجا به قتل رسیدند.
عملیات اخراج از اومشلاگپلاتس صورت میگرفت. اومشلاگپلاتس نام میدانی بود که در جوار ایستگاه قطار قرار داشت و به مرکز جمع آوری تبدیل شده بود. اخراجیان در واگن های باربری کاملا مسدود فشرده می شدند، درها پشت سرشان قفل شده و سفرشان به سوی مرگ آغاز می شد.
آلمانها روش های فریب و پنهان کاری را به کار گرفتند. با آغاز اخراج، نازی ها قول دادند هر کس که داوطلبانه خود را برای "انتقال" معرفی کند، سه کیلوگرم نان و یک کیلو مربا خواهد گرفت. این وعده، مردم گرسنه را برای معرفی به اومشلاگپلاتس آورد. پس از چند روز جریان داوطلبان متوقف شد. همزمان، آلمانها به جستجوی ساکنان گتو پرداختند. خیابانها بسته شدند و پلیس یهودی ساکنان را از خانه هایشان بیرون آورد. هنگامی که آلمانها عملیاتگزینش را انجام میدادند، پلیسهای لهستانی یا اوکراینی، خانه های متروکه را جستجو می کردند و دنبال مخفی شدگان میگشتند. دستگیر شدگان به اومشلاگپلاتس منتقل و سپس اخراج می شدند. کسانی که هنگام گزینش اقدام به فرار میکردند، درجا کشته میشدند. در پایان اخراج ها به تربلینکا، 55,000 تا 60,000 یهودی در گتو باقی ماندند که در چند بلوک ساختمانی جمع آوری شده و محدوده گتو بسیار کوچک و تنگ شد.
باقی ماندگان، که اکثرا جوانانی بودند که خانواده های خود را از دست داده بودند، به تلخی هوشیار شده و به شدت احساس می کردند که یتیم شده اند. بسیاری از آنان خود را مقصر میدانستند که چرا به موقع مقاومت نکردند و اجازه دادند خانواده هایشان اخراج شود. آنها میدانستند که به همین سرنوشت دچار خواهند شد. بنابراین با تمام توان شروع به برپایی گروه زیر زمینی ای نمودند که اکثر احزاب و جنبش های نوجوانان در آن فعال بودند. پیش از شروع اخراج ها، تلاش های اولیه برای برپایی یک سازمان مقاومت مسلحانه در گتو ورشو صورت گرفته بود. در مارس و آوریل 1942، پس از اینکه مذاکرات اولیه بین سران گتو به نتیجه نرسید، "بلوک ضد – فاشیست" با ابتکار کمونیست های یهودی برپا شد. اما در ماه مه،گشتاپو رهبر آن سازمان، اندژی شمیدت (نام مستعار پینخاس کارتین) را پس از شناسائی، دستگیر و به قتل رسید.
با آغاز اخراج ها، تلاش برای برپایی سازمان زیرزمینی رزمی به اهتمام نمایندگان سه جنبش نوجوانان صیونیست ("هشومر هتساعیر"، "درور" و "عکیوا") از سر گرفته شد. در اکتبر همان سال، حزب کارگران صیونیست نیز به این تشکیلات پیوست و "سازمان یهودی مبارز" (ZOB)برپا شد. ظرف مدت کوتاهی، جنبش های نوجوانان دیگر و احزاب غیر صیونیست – بوند و کمونیست ها – نیز به آنان پیوستند. مردخای آنیلویچ، 23 ساله، عضو "هشومر هتساعیر"، به فرماندهی "سازمان یهودی رزمنده" منصوب شد. جنبش نوجوانان رویزیونیست، "بیتار"، سازمان رزمی جداگانه ای به نام "اتحادیه نظامی یهودی " (ZZW) برپا ساخت.
در 18 ژانویه 1943، آلمانها عملیات اخراج دیگری را آغاز کردند. رهبران سازمان زیرزمینی یهودی براین باور بودند که این اخراج نهایی و پایانی از گتو است و به شدت واکنش نشان دادند. این واکنش "قیام کوچک" نام گرفت. در پی این مقاومت، آلمانها تصمیم به توقف اخراج ها گرفتند. این امر به منزله نقطه عطفی برای یهودیان گتو بود. آنان بر این باور بودند که مقاومت باعث متوقف شدن اخراج ها بود. در نتیجه، بسیاری راهکار گروه های زیر زمینی را سرمشق خود قرار داده دادند و خود را برای مخفی شدن در پناهگاه های زیرزمینی و نیز برای مقاومت همگانی آماده نمودند.
در 19 آوریل 1943، شب عید فطیر یهودیان "پسح"، عملیات اخراج کامل آغاز شد و همزمان سازمانهای زیرزمینی شروع به مقاومت نمودند. اعضای سازمان یهودی رزمنده به فرماندهی مردخای آنیلویچ و اتحادیه نظامی یهودی به فرماندهی پاوول فرانکل در این قیام شرکت کردند و در کنار یکدیگر جنگیدند. آلمانها از مقاومت جنگجویان و ساکنان گتو که در پناهگاه های زیرزمینی و مخفیگاه ها سنگر گرفته بودند غافلگیر شدند. سازمان یهودی رزمنده مواضعی در تمام محدوده گتو مستقر کرده و اعضای اتحادیه نظامی یهودی، فعالیت جنگی خود را در میدان مورنوبسکا متمرکز کرده بودند، و بدین ترتیب از ورود آلمانها به داخل گتو جلوگیری میکردند. پس از پنج روز نبرد، آلمانها آتش زدن سیستماتیک خانه های گتو را آغاز کردند که تبدیل به دامی از آتش برای ساکنان خود شدند. بیش از یک ماه، یهودیان گتو دلاورانه جنگیدند. این اولین قیام مردمی در یک منطقه شهری اروپای اشغالی بود.
قیام گتوی ورشو تبدیل به الگویی برای دیگر جمعیت های یهودی در گتوها و اردوگاه ها شد. شورش هایی که دیرتر صورت گرفتند، به دلایلی مانند انزوا، کمبود جنگ افزار و خصومت افراد محلی، دارای وسعت کمتری بودند.