Le 25 janvier 1939, lorsque le gouvernement fasciste slovaque dirigé par le prêtre catholique Tiso met en place un comité spécial afin d'élaborer un « Programme pour la solution de la question juive », l'évêque Pavel Gojdic écrit une lettre à l'attention de toutes les paroisses de son diocèse de Prešov. Dans celle-ci, Gojdic prédit que ces ces politiques discriminatoires auront des conséquences désastreuses. Il rappelle aux fidèles les principes fondamentaux de leur foi : l'égalité de tous aux yeux de Dieu. Il met aussi en garde contre les conséquences de l'idéologie nazie et du racisme.
La prise de position de Gojdic provoque une grande agitation chez les prêtres slovaques, qui soutiennent pour la plupart le courant nationaliste de l'Église catholique. Durant l'été 1939, ils rédigent un mémorandum exprimant leur mécontentement à l'égard des actions de Gojdic, qui entraînera sa démission au mois de novembre suivant. Le Saint-Siège accepte sa démission du poste d'administrateur apostolique, mais le nomme simultanément évêque du diocèse de Prešov. Cette nomination ne contribue qu'à accroître les tensions entre Gojdic et le gouvernement slovaque.
Après la validation par le Parlement slovaque d'une loi spéciale autorisant l’expulsion des Juifs de Slovaquie, Gojdic rédige une nouvelle lettre de protestation condamnant la déportation des Juifs de Slovaquie et demandant au Vatican d'intervenir pour faire cesser ces pratiques cruelles. Il appelle le Saint-Siège à insister pour obtenir la démission de Tiso, afin que l'Église catholique puisse se démarquer de ces actes criminels.
Malgré les interventions du Vatican, l'État slovaque continue à déporter les Juifs.
Gojdic tente alors de sauver des Juifs en procédant à des conversions massives. Celles-ci sont en réalité fictives et les Juifs continuent à observer leur propre pratique religieuse. Un rapport des services de sécurité daté du 26 octobre 1942 relate que Gojdic a organisé, dans la ville de Michalovce, une cérémonie de conversion au cours de laquelle il a embrassé publiquement sur le front les Juifs ayant décidé de « se convertir ». De nombreux fidèles appartenant de longue date à l'Église catholique quittent l'église en signe de protestation
Le 6 août 2007, Yad Vashem reconnaîtra l'évêque Pavel Gojdic comme Juste parmi les Nations.
