Suite à l'occupation de la France durant l'été 1940, les consulats étrangers font face à un très grand nombre de demandes déposées par des Juifs qui cherchent désespérément à obtenir des visas pour quitter les territoires contrôlés par les nazis. Compte tenu de cette crise, le gouvernement portugais met en place des restrictions à l'entrée des réfugiés sur son sol. Lorsque l'Allemagne envahit la Belgique et les Pays-Bas, le Portugal prend des mesures plus restrictives encore contre l'entrée des réfugiés et plus particulièrement des réfugiés juifs sur son territoire. La dernière lueur d'espoir s'éteint alors pour les milliers de réfugiés, parmi lesquels de nombreux Juifs, qui ont fui vers le Sud, espérant quitter la France via l’Espagne et le Portugal. Un grand nombre d'entre eux se rassemblent au consulat du Portugal à Bordeaux, où ils se battent pour essayer d'obtenir le précieux sésame qui leur permettrait de quitter la France.
Constatant la détresse des réfugiés, Sousa Mendes décide de désobéir aux directives pourtant explicites de son gouvernement. Il reçoit dans les locaux du consulat une délégation de réfugiés conduite par le rabbin Haïm Kruger et promet de délivrer des visas de transit à tous ceux qui en ont besoin. Il ajoute même que ceux qui ne peuvent pas payer les frais de délivrance des visas obtiendront les documents gratuitement. Il aménage ensuite au consulat un bureau de fortune et commence, avec l’aide de deux de ses fils et de quelques Juifs qui patientaient non loin de là, à délivrer des permis d'entrée. Sousa Mendes travaille sans relâche pendant trois jours et trois nuits, sans s'accorder un instant de répit, avant de s'effondrer d’épuisement une fois le travail achevé. Entre le 15 et le 22 juin 1940, Sousa Mendes délivrera 1 575 visas au total.
Des rumeurs au sujet des activités de Sousa Mendes parviennent jusqu’à Lisbonne, qui lui ordonne de regagner le Portugal immédiatement. Deux hommes sont envoyés pour l’escorter. En route pour le Portugal, Sousa Mendes passe à proximité du consulat portugais de Bayonne. Il aperçoit une foule de plusieurs centaines de personnes aux portes du consulat. Bien qu’il ait déjà été rappelé par le Portugal, Sousa Mendes pénètre dans le consulat et, faisant fi des protestations du consul local, ordonne aux employés présents de délivrer sur-le-champ des visas à tous les demandeurs.
De retour à Lisbonne, Sousa Mendes est traduit devant une commission disciplinaire et démis de ses fonctions au ministère des Affaires étrangères. Il se retrouve alors privé de revenus et incapable de subvenir aux besoins de sa famille de treize enfants. Il déclarera néanmoins au rabbin Kruger, auquel il est venu en aide à Bordeaux:
« Si des milliers de Juifs souffrent à cause d'un chrétien [Hitler], un chrétien peut certainement souffrir pour un si grand nombre de Juifs ».
Mendes meurt dans la misère la plus totale en 1954. Il ne sera complètement réhabilité par le gouvernement portugais qu'en 1988, grâce à des pressions externes et aux efforts de ses enfants.
Extrait du témoignage du rabbin Haïm Kruger, 1966:
« Nous avions fui Bruxelles pour la France avec des milliers de nos frères qui avaient eux aussi été expulsés du territoire français et du territoire belge qui se trouvaient déjà sous la domination de ces nazis, puisse leur nom être effacé. Après de nombreuses épreuves dues aux bombardements des Alliés, nous avons atteint Bordeaux. Nous avons trouvé des milliers de nos frères dans les rues, campant sur la place près de la synagogue. Dans la soirée, une grande voiture conduite par un chauffeur est arrivée et s’est arrêtée à côté de nous. Un diplomate en est sorti et s’est adressé à moi. Il m'a invité à venir loger chez lui avec mon épouse et nos cinq enfants – l'aîné avait dix ans et le plus jeune deux ans. Quand nous sommes arrivés chez lui, il m’a dit qu'il était consul général du Portugal en France et qu'il avait treize enfants. Il a mis à notre disposition tout le confort de sa résidence, mais je réalisais que je ne pouvais accepter parce que je ne voulais pas me séparer de tous ceux qui étaient dehors, dans la rue et que la maison était remplie de statues chrétiennes, qui terrifiaient nos enfants qui refusaient de manger. Je l'ai remercié pour sa gentillesse. Le matin, nous avons rejoint ceux qui se trouvaient à l’extérieur puis je suis retourné chez lui pour lui expliquer que le seul moyen de nous aider était de nous délivrer des visas pour le Portugal.
Alors que nous nous entretenions, le vice-consul, entendant ce que nous nous étions dit en français, mit le consul en garde et l'exhorta à ne pas tomber dans le piège en nous délivrant des visas. Il lui parlait en portugais mais en vain. Mr. Mendes me déclara qu'il délivrerait des visas pour ma famille et moi-même, mais qu'il lui faudrait demander l’autorisation de son ministère pour aider les autres réfugiés. J’essayai de l'influencer en lui recommandant de ne pas écouter son adjoint. Il me dit alors que je pouvais annoncer aux réfugiés que quiconque demanderait un visa pourrait en obtenir un. Je m'exécutai sur le champ. Tous les réfugiés obtinrent des visas et il passa toute la journée assis à les signer. Je l'aidais en tamponnant les passeports sur lesquels il apposait ensuite sa signature. Il ne prit le temps ni de manger ni de boire, travaillant sans relâche jusqu'à une heure avancée de la nuit et délivrant très rapidement des milliers de visas – jusqu'à ce nous soyons obligés de fuir à travers l'Espagne, les Allemands et leurs alliés approchant. »
Le 18 octobre 1966, Yad Vashem reconnut Aristides de Sousa Mendes comme Juste parmi les Nations.
