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En juin 1941, au cours des semaines qui suivent l'invasion de l'URSS par l'Allemagne nazie et l'armée roumaine (sous la conduite de Ion Antonescu), cette dernière, avec la coopération partielle de l'Einsatzgruppe D et d'une partie de la population locale, massacre 100 000 à 120 000 Juifs de Bessarabie et du nord de la Bucovine (régions de Roumanie annexées par l'URSS en juin 1940). Le massacre est perpétré sur ordre du maréchal Ion Antonescu, le dictateur fasciste qui gouverne alors la Roumanie. Des massacres similaires sont perpétrés par l'armée roumaine dans l'ouest de l'Ukraine et en particulier dans la ville d'Odessa. Par ailleurs, des soldats, des policiers et des civils roumains ont déjà assassiné 15 000 Juifs dans la ville d'Iasi et mené des pogroms contre les Juifs dans d'autres villes du pays.
Durant l'été et l'automne 1941, sur ordre des autorités roumaines, les Juifs ayant survécu au massacre de Bessarabie et de Bucovine du nord, ainsi que les Juifs de Bucovine du sud et de la région de Dorohoi (qui faisait partie de la Roumanie), sont brutalement déportés dans les ghettos et les camps d'extermination de Transnistrie dans l'ouest de l'Ukraine, une région peu peuplée située entre les fleuves du Dniestr et du Bug et cédée par l'Allemagne nazie à la Roumanie en échange de sa participation à la guerre contre l'Union soviétique. Entre leur déportation en Transnistrie et la libération par l'Armée rouge en mars 1944, 120 000 déportés vont mourir de froid, de faim, de maladie ou être assassinés. S’ajouteront à eux les dizaines de milliers de Juifs autochtones de Transnistrie qui seront victimes de l'invasion roumaine.
Au total, 380 000 à 400 000 Juifs, dont ceux de Transnistrie, sont assassinés dans les régions contrôlées par la Roumanie sous la dictature d'Antonescu.