המוזאון לתולדות השואה מציג את סיפור השואה מנקודת מבט יהודית ייחודית על ידי חפצים מקוריים, מסמכים, עדויות, סרטים, יומנים, מכתבים ויצירות אמנות, תוך שימת דגש על הסיפורים האישיים של קורבנות השואה.
החפצים הרבים המוצגים לאורך ציר ההליכה המרכזי במוזאון מדגישים וממחישים את הסיפורים האישיים של יהודים אשר חיו באירופה ובצפון אפריקה בתקופת השואה תחת הכיבוש הנאצי.
אוסף החפצים כולל אלפי חפצים אשר נאספו בכל שנות פעילותו של מוסד יד ושם. המגוון הרחב של החפצים אשר שרדו את השואה כולל חפצים אישיים וחפצים ששימשו משפחות או קהילות, חלקם מרהיבים ואילו פשטותם של האחרים מעידה על התנאים הקשים בהם נוצרו.
רק חלק קטן מאוסף החפצים מוצג בתערוכת הקבע במוזיאון ההיסטורי לתולדות השואה ביד ושם. המוצגים השונים במוזיאון לתולדות השואה והחפצים השמורים באוסף החפצים ממלאים תפקיד מרכזי בשימור זיכרון השואה.
