בית הכנסת משמש יד זיכרון למקומות התפילה של יהודי אירופה שנהרסו. בית הכנסת ישמש גלעד וזיכרון לאמונה, לעולם הרוחני העשיר של יהודי אירופה ולנחישות יוצאת הדופן של העם היהודי לשרוד, לזכור ולבנות מחדש.
יו"ר יד ושם אבנר שלו בעת חנוכת בית הכנסת של יד ושם, יוני 2005
בית הכנסת ביד ושם נבנה כחלק מהמכלול המוזיאלי החדש והוא משלב בין עבר והווה.
בית הכנסת הוא מוקד זיכרון והנצחה אך הוא גם בית כנסת פעיל שמשמש מקום לתפילה, להתכנסות ואף לציון אירועים חגיגיים כגון טקסי בר מצווה המסמלים את התחדשות והמשכיות הדורות. במרכז אזור התפילה ניצב ארון קודש אשר חזיתו מורכבת מחלקי חזית ארון הקודש של בית הכנסת מברלאד, רומניה.
בבית הכנסת מוצגים ארונות קודש ולצדם תשמישי קדושה מבתי כנסת ברחבי אירופה המעידים על העבר המפואר של יהדות אירופה, זיכרון לקהילות היהודיות ששגשגו ערב מלחמת העולם השנייה ונחרבו בידי השלטון הנאצי.
חלק מתשמישי הקדושה מוצגים כפי ששרדו, כחלקים בלבד. המוצגים נוצצים בתוך הרקע החשוך וממחישים את היותם שבר מתוך שלם שחרב.
