לאורך השנים הפגיש יד ושם לא מעט קרובי משפחה וחברים בזכות מאגרי המידע שלו, ובראשם דפי העד: אחים נפגשו אחרי עשרות שנים בזכות חיפוש במאגרי המידע של יד ושם; אנשים שמילאו דף עד על קרוב משפחה חיפשו עליו מידע במאגר שמות קורבנות השואה באתר יד ושם, ולהפתעתם גילו שיש להם קרובי משפחה – קרובים שלא ידעו על קיומם.
גם בשנות החמישים ארע מפגש כזה ביד ושם, בזכות עיתון יד ושם. בשנים ההן עבד ביד ושם ד"ר נתן עק, היסטוריון וניצול שואה מגטו ורשה. בתקופת השואה היה ד"ר עק מנהל הגימנסיה "תרבות" שהתקיימה במחתרת בגטו ורשה. סיפר תלמידו בגימנסיה, אברהם כרמי (פוזנר-ויינברגר):
ביום האחרון, לאחר חלוקת התעודות, המנהל ד"ר עק נפרד מכל התלמידים. הוא ניסה לשוות לפניו ארשת חגיגית ובישר שבשעה טובה סיימנו את שנת הלימודים, שעל אף כל הקשיים, שאין הוא צריך לפרטם לנו, התנהלו הלימודים ברצינות ובהתמדה. הוא איחל לנו חופשה נעימה ושנחזור וניפגש כאן כולנו באחד בספטמבר [1942]. כשאמר את המילים האלה פיו התעוות לרגע כפי שהיה מתעוות כשהיה מזמין תלמיד ללוח והלה לא ידע דבר. העווית הקלה הזו גרמה לכך שאזכור את דבריו.
לאחר המלחמה היה עק בטוח שהוא היחיד שנותר בחיים מהגימנסיה. אך הוא לא היה היחיד: אברהם כרמי שרד בתקופת השואה באושוויץ, בבודזין ובמחנות רבים אחרים, ועלה ארצה ב-1945. הוא היה מורה בבית הספר החקלאי במקווה ישראל ותלמיד היסטוריה באוניברסיטה העברית.
בשנת 1954 הגיעה לידיו של כרמי חוברת "ידיעות יד ושם", וכניצול השואה והיסטוריון, החל לקרוא בה. להפתעתו מצא בחוברת מאמר של עק, ובעקבות זאת הגיע לביקור ביד ושם, ששכן אז ברחוב בן יהודה.
עליתי במדרגות וד"ר עק ירד. לא קשה היה לזהות אותו. ד"ר עק לא השתנה. אותן פנים מאירות ואותן קווצות שיער בצדדים, אותה ההליכה ואותה עווית קלה בפנים, שהעידה על כך שמשהו מטריד את מחשבותיו.
"שלום, ד"ר עק", עצרתי אותו במדרגות.
"שלום", ענה לי במבטאו המוקפד, "ומי אדוני?"
"אדוני למד אצלך ב'קומפלט' [גימנסיה "תרבות"] בוורשה", עניתי, "אתה לימדת אותי את המילה 'מזח'."
ד"ר עק חייך בשמחה וחיבק אותי אליו חיבוק אמיץ. דקות ארוכות עוד עמדנו ושוחחנו, לא על מה שהיה ב"קומפלט", רק על מה שקורה עכשיו: איפה אני גר, מה אני עושה, מה הוא עושה, שיחה שלמה.
כך נפגשו ביד ושם שני ניצולי השואה מגטו ורשה, כ-12 שנים לאחר פרידתם בעת חורבנו של גטו ורשה בשואה. סיפר כרמי:
לאחר שנים, כשנודע לי שנפטר, הלכתי ללוויה. רציתי להיפרד ממנו. הרי בשלושים ביוני של שנת 1942, כשראיתי אותו בפעם האחרונה, הוא אמר: "ניפגש כולנו באחד בספטמבר כאן", ולא נפרדנו כראוי. אבל באחד בספטמבר הוא כלל לא היה בגטו, וגם לו היה, שנת הלימודים לא נפתחה.
אברהם כרמי, חלקי בארץ החיים, ידיעות אחרונות ושם עולם, 2013, ע' 126-125
סיפור מפגשם של ד"ר נתן עק ואברהם כרמי פורסם ב-1954, בגליון "ידיעות יד ושם".
