מימיו הראשונים של השלטון הנאצי הותקפו יהודי העיר וסבלו נזקים בגוף וברכוש. ב-11 וב-12 במרס 1933 פרצו מהומות אנטי-יהודיות בווירצבורג. יהודים הוכו באכזריות, מכוניות של סוחרים יהודים הוחרמו ובתי עסק יהודים נסגרו בפקודת השלטונות. ארבעה עורכי דין יהודים הורחקו באותו החודש מבתי המשפט. בעקבות החרם הכלכלי של 1 באפריל 1933 ודחיקת רגלי הסוחרים היהודים, הקימה הקהילה "ועדה לעזרה ושיקום" שהגישה סיוע חומרי לצד ייעוץ והדרכה בענייני הכשרה מקצועית והגירה. בית הספר היסודי קלט את התלמידים היהודים שהורחקו מבתי הספר הכלליים.
ביולי 1933 ערכה משטרת וירצבורג חיפושים בכל הארגונים והאגודות היהודיות. "ברית חיילי החזית היהודיים" וארגוני הסטודנטים היהודים באוניברסיטת וירצבורג פורקו. לאחר ההלם של החודשים הראשונים תחת השלטון הנאצי הגיעה התאוששות. אגודות הנוער היהודי בווירצבורג פתחו תכנית עשירה של הרצאות וחוגים, ייסדו קורסים לעברית ולשפות זרות ונטלו חלק בהכשרה מקצועית. יהודי וירצבורג המשיכו לקיים חיי ציבור וחברה, הושיטו סעד לנזקקים והעניקו הלוואות ללא ריבית. באביב 1934 הורחב בית החולים היהודי ולבית הזקנים נוסף אגף חדש.
ב-1934 הוחרפו העיצומים הכלכליים נגד היהודים. באביב עברה מדי יום ברחבי וירצבורג מכונית מצוידת ברמקול המשמיע סיסמאות לעקרת הבית הגרמנית לערוך את קניותיה "רק בבתי עסק גרמנים". על דלתותיהם של בתי מסחר, מרפאות ומשרדי עורכי דין יהודיים הודבקו באישון לילה כרזות הקוראות לחרם נגדם.
ב-1935 החל לפעול בווירצבורג סניף של הקולטור בונד (האגודה היהודית לתרבות) שקיים בקביעות הרצאות ומופעים של אמנים יהודים בווירצבורג ומערים אחרות בגרמניה. ביוני 1935, שנתיים לאחר שנסגר בפקודת השלטונות, הותר לסניף הציוני המקומי לפעול מחדש בהנהגת המורה עמנואל שטולברג (Stolberg ). באותה שנה הוחרפו הרדיפות נגד יהודים: בתי עסק יהודים נבזזו ונאסרו מכירת קרקעות ליהודים והתיישבותם בעיר של יהודים שאינם בני המקום. סניף "בני ברית" שפעילותו נאסרה כבר ביולי 1933 נסגר ובנין הסניף הועבר לרשות העירייה. לבית הספר היהודי העממי נוספו כתות להכשרה מקצועית וב-1936 הגיע מספר תלמידיו ל-180.
ב-1936 אסרה אגודת הסטודנטים הבווארית על חבריה לשכור חדרים אצל יהודים בווירצבורג. דרכוניהם של יהודים אמידים הוחרמו והוחזרו לבעליהם רק אחרי שנמחקה מהם אשרת היציאה, כדי למנוע מהם להימלט עם רכושם. כל השמות היהודיים של הרחובות בווירצבורג הוחלפו לשמות אחרים, למעט שמות היסטוריים שבתחומי הגטו היהודי לשעבר. ב-1937 נאסר על יהודים להיכנס לברכות השחייה העירוניות. באותה שנה התקיים בווירצבורג יום עיון לנציגי אגודות הנוער היהודיות בבוואריה ונערכו בעיר תחרויות ספורט בין בני נוער יהודים בווירצבורג לחבריהם ממינכן.
עד 1938 המשיכו מוסדות הקהילה לספק ליהודים סיוע חומרי, הדרכה, יעוץ מקצועי והלוואות ללא ריבית.