ב-3 ביוני 1944 יצאה ממחנה פיכט (Vught) שבהולנד רכבת גירוש לאושוויץ. נוכח הפלישה הצפויה של בעלות הברית למערב אירופה החליטו הגרמנים לפנות את היהודים שהיו באותה עת במחנה. שילוח זה זכה לכינוי "שילוח פיליפס" על שם העובדים היהודים שהיו בשלוחת מפעלי פיליפס שפעלה בפיכט. בין המשולחים על הרכבת היו ליבה קלפטר ובתה לילי בת ה-14 מאמסטרדם.
ב-1926 ביקרה ליבה-מיצי הולנדר, בת למשפחת רבנים מווינה, את דודיה באמסטרדם. שם פגשה את יעקב-יוסף קלפטר (Klafter) יליד קרלסרוהה שבגרמניה, שעבר להולנד ב-1914. השניים נישאו וב-1929 נולדה בתם לילי. בקומה הראשונה של בית המשפחה בן ארבע הקומות, החזיק יעקב עסק של יבוא ציוד לרופאי שיניים. המשפחה חיה ברווחה וליבה ניהלה חיי חברה ענפים ונהגה לארח בביתה. לאחר סיפוח אוסטריה לגרמניה (האנשלוס) במרס 1938 הביאה ליבה רבים מבני משפחתה מווינה לאמסטרדם, בהם אמה שבע (Shewa) הולנדר שעברה לגור אצלה.
במאי 1940 נכבשה הולנד על ידי הגרמנים והחל מספטמבר הוטלו מגבלות וגזירות על היהודים: נאסרה הופעתם של מרבית העיתונים היהודים, נאסר על מינויים למשרות ממשלתיות, ומרצים יהודים פוטרו מהאוניברסיטאות; היהודים נדרשו להגיש רשימות של העסקים שבבעלותם והוקמה המועצה היהודית, ה"יודסה ראט".
בינואר 1941 הוטל צו רישום על כל היהודים. בפברואר נערך מצוד אחר צעירים ברובע היהודי באמסטרדם ומאות יהודים נתפסו ונשלחו לדכאו ומאוטהאוזן. החל מקיץ 1941 נאסר על היהודים לבקר במוסדות ציבור ובכללם פארקים, מקומות רחצה, מרוצי סוסים, בתי מלון ועוד, ועליהם בלבד הוטל עוצר לילי משמונה בערב עד שש בבוקר המחרת. הקנייה בחנויות הותרה להם רק משעה שלוש עד חמש אחר הצהריים. נאסר עליהם השימוש בתחבורה ציבורית אלא ברישיון מיוחד.
נאסר על היהודים להשתתף באספות פומביות, לבקר במוזיאונים ובספריות, לסחור בשווקים ובבורסה ועוד. בוטלה חברותם באגודות שאינן למטרות כלכלה. הוקמו איגודים מקצועיים חדשים שהחברות בהם היתה חובה לעיתונאים, שחקנים, מוסיקאים וכדומה, ועל פי תקנותיהם לא יכלו יהודים להשתייך אליהם. באוגוסט 1941 הורחקו התלמידים היהודים מבתי הספר הכלליים והוקמו בתי ספר ליהודים בלבד. ב-1942 נאסר על כל הסטודנטים היהודים ללמוד באוניברסיטאות.
במקביל החל גזל הרכוש היהודי. במאי 1942 הוטל עליהם הסימון בטלאי הצהוב. החל מקיץ 1942 החלו הגירושים ההמוניים של יהודים מהולנד. היהודים נעצרו במחנות מעבר בהולנד ומשם שולחו מזרחה בעיקר למחנות המוות אושוויץ וסוביבור במסווה של שילוחם לעבודה.
לבית העסק של יעקב קלפטר מונה נאמן "ארי". כל בוקר הלכה לילי מביתה במשך שעה וחצי לבית הספר היהודי מכיוון שכיהודיה נאסר עליה להשתמש בתחבורה הציבורית או לרכוב על אופניה שהוחרמו. כשהחל מעצר יהודים דאגה ליבה להעביר את אמה לבית אבות יהודי באמסטרדם מתוך מחשבה ששם היא תהיה מוגנת.
במאי 1942 נאסר יעקב ונכלא בבית הכלא באמסטרדם בעוון פעילות מחתרתית. ליבה קיימה אתו קשר מכתבים והעבירה לו מזון ובגדים. הממונה מטעם האס-אס על בית העסק שהיה בבית מגוריהן, הטריד את ליבה והיא חששה ללילי ולעצמה. נערכו פשיטות ("ראציות") רבות על בתי יהודים, בעיקר בלילה. ליבה דאגה למקום מסתור עבורה ועבור לילי, ולשם העבירה מזון ודברי ערך. בכל ערב היו השתיים מסירות את הטלאי הצהוב, שוהות במקום המסתור ובבוקר חוזרות לביתן. לילי המשיכה ללכת לבית הספר. לאחר זמן נפרדו השתיים זו מזו. ליבה הסתתרה באמסטרדם ולילי שהתה שלושה חודשים מחוץ לעיר עד שנחשפה זהותה. היא נאלצה לחזור לאמסטרדם והשתיים חזרו לביתן.
לליבה היו בני דודים באמסטרדם שהחליטו לברוח עם בני משפחתם לצרפת ומשם לספרד בעזרת מבריחים מקצועיים. הם ניסו לשכנע אותה לעזוב אתם, אבל ליבה לא רצתה לעזוב את בעלה שהיה בכלא.
באחת הפשיטות שנעשו לאור יום נעצרו ליבה ולילי ונלקחו במכונית סגורה ל"תיאטרון ההולנדי" באמסטרדם ששימש מקום ריכוז ליהודים. שם שהו השתיים לילה שלם. למחרת בבוקר שולחו ברכבת והוצעדו מתחנת הרכבת למחנה הריכוז פיכט בשתי שורות כשמשני הצדדים גרמנים חמושים ברובים דרוכים. בינואר 1943 הגיעו ליבה ולילי למחנה. במחנה למדה לילי לתפור ועבדה במתפרה. כשחלתה, טיפלה בה ליבה במסירות עד שהבריאה.
ליבה עבדה במפעל פיליפס שהוקם במחנה ביוזמתו של פרדריק (פריץ) פיליפס, לימים חסיד אומות העולם, שם לימדו אותה להרכיב צינורות לרדיו - עבודה עדינה שנעשתה עם זכוכית מגדלת והלחמה עדינה. באותו חודש שהגיעו השתיים לפיכט, שולחה אמה של ליבה, שבע, מבית האבות בו שהתה למחנה וסטרבורק שבצפון מזרח הולנד ומשם בפברואר 1943 לאושוויץ. ביולי 1943 שולח יעקב מווסטרבורק אל מותו בסוביבור. שניהם נרצחו בהגיעם.
ב-6 וב-7 ביוני 1943 פונו הילדים עד גיל 12 מפיכט ושולחו עם אמותיהם בקרונות בקר לווסטרבורק. למחרת, ב-8 ביוני, שולחו הילדים אל מותם בסוביבור. לילי שרדה אקציה זו ונשארה עם אמה בפיכט. על החיים במחנה סיפרה לילי:
במחנה היתה הפרדה בין נשים וגברים... בצריפים היו מיטות בקומות. בכל מיטה שתי נשים. אמא ואני ישנו באותה מיטה. המזון הכיל הרבה שומן חזיר ולא יכולתי לאכול, וגם נקניק דם שגם אותו לא יכולתי לאכול. בבית לא כל כך שמרנו, אבל היה לי קשה לאכול מזון לא כשר. אכלנו לחם ומרגרינה.
ביוני 1944 פונה מחנה פיכט. סיפרה לילי:
אמרו לנו ששולחים אותנו למזרח, לעבודה. הכניסו אותנו לקרונות נוסעים בתנאים טובים. לא ידענו לאן אנו מגיעים. לאחר יומיים הגענו למחנה [אושוויץ-בירקנאו]... הוציאו אותנו עם צרחות ומכות רצח מהרכבת. העמידו אותנו בשורה... הביאו אותנו לסאונה. הרגשנו ריח איום ושאלנו את הוותיקים מה זה הריח המשונה הזה. "זה בשר בני אדם שנשרף." לא האמנו למשמע אוזנינו. מה זאת אומרת? "כן. כאן שורפים בני אדם." כשהביאו אותנו לסאונה ראינו ארובות עם עשן סמיך...
בסאונה עברו הנשים חיטוי ומקלחת, שיער גופן גולח ומספר אסיר קועקע על אמת ידן. הן הובלו לצריפים בהם דרגשים בני שלוש קומות. על כל דרגש ישנו שש נשים. לילי התקשתה להסתגל לחיים במחנה ורצתה לשים קץ לחייה. ליבה הניאה אותה מכך, ואמרה לה: "אנחנו חייבות להישאר בחיים ולספר לעולם את מה שעוללו לנו הגרמנים".
לאחר כשבעה שבועות הועברה קבוצת נשים ובה ליבה ולילי מבירקנאו לרייכנבך, שם שובצו הנשים לעבודה במפעל טלפונקן במשמרות של 12 שעות. כל יום הלכו שעה הלוך ושעה חזור ממחנה המגורים למפעל. לילי חלתה בטיפוס וליבה סחבה אותה יום יום למפעל ובחזרה עד שהחלימה.
עם התקרבות הצבא האדום לאזור פונו הנשים ברגל. אחרי שלושה ימי הליכה הועמסו הנשים על קרונות פחם פתוחים כששלג יורד עליהן. הן עברו כמה מחנות קטנים. באחד המחנות הורדו מהקרונות ועבדו חמישה ימים במפעל ששכן בתוך הר. משם שולחו בקרונות בקר והוסעו עשרה ימים הלוך ושוב כדי למנוע מהן לפגוש את המשחררים. בארבעה הימים האחרונים לא קיבלו מזון או משקה ונשים רבות מתו. מסען הסתיים באזור המבורג, שם אולצו לפנות את ההריסות מהפצצות בעלות הברית.
ב-1 במאי 1945 שוחררו ליבה ולילי והועברו באמצעות הצלב האדום לשיקום בשוודיה.
ליבה נישאה בשנית לאיש הבריגדה היהודית בצבא הבריטי ועלתה עם בתה בדצמבר 1946 לארץ ישראל. לילי הגיעה לפנימייה בעיינות, שם הצטרפה ל"הגנה" והיתה שומרת לילה בפרדס. במאי 1948 התגייסה לילי לצה"ל והוצבה בלשכת הקשר עם הצלב האדום. היא עבדה כמתורגמנית בהחלפת שבויים. לילי נישאה לאפרים כהן ונולדו להם שלושה ילדים.
ב-1955 מסרה לילי כהן (קלפטר) ליד ושם דפי עד לזכר אביה יעקב קלפטר וסבתה שבע הולנדר.