ב-22 ביוני 1941 פלשה גרמניה הנאצית לשטחי ברית המועצות. כעבור חמישה ימים הגיעו הכוחות הגרמניים לפאתי מיר וכבשו אותה לאחר קרב שבמהלכו עלו באש כשלושה רבעים מבתי העיירה.
"אותו יום פלשו לארצנו הגרמנים. מעלינו התפתח קרב אווירי גדול. היהודים ברחו לשדות ומרבית בתיהם עלו באש. גם כל בתי הכנסת והישיבה נשרפו [...] לפני שברחנו, הספקנו לזרוק כמה בגדים למרתף של דודי פישל. המרתף היה עשוי מבטון וכך נשתמרו בגדינו. ביתו של דודי דוד נשאר שלם וכל משפחת שרייבר ועוד שתי משפחות אחרות עברו לגור אצלם. הצפיפות היתה גדולה. את הילדים השכיבו על הרצפה. התחלנו לחוש את הרעב"
זאב שרייבר, סיפורו של מי ששרד וגם נקם, ע' 8.
כשבועיים לאחר הכיבוש נצטוו יהודי מיר להתייצב בכיכר המרכזית, שם נלקחו מהם דברי הערך שלהם. ב-21 ביולי עצרו הגרמנים 24 מנכבדי העיר וביניהם 18 יהודים, האשימו אותם בפעילות קומוניסטית ורצחו אותם ליד בור גדול מחוץ לעיר, אותו נאלצו היהודים לחפור במו ידיהם.
ימים אחדים לאחר רצח 18 היהודים הוקם היודנראט השני, הוטלה על יהודי העיירה חובת הסימון – טלאי צהוב שעליו הכתובת Jude - וגברים בני 16-60 גויסו לעבודות כפייה.
"המשטרה המקומית התעללה ביהודים. אסרו ללכת על המדרכה, לסחור עם הנוצרים, לערוך קניות בשוק. היהודים לא רעבו, בחשאי ניהלו סחר חליפין עם האוכלוסייה הכפרית. בגדים תמורת מזון".
עדות אברהם ווינגר, ארכיון יד ושם, M49E/2209