אישור מעבר שניתן לתלמיד-רב לייב מלין, תלמיד ישיבת מיר בשנחאי, 1945
תעודת תלמיד בישיבת מיר על שם לייב מלין, מיר, 1938
מברק שנשלח מוועד ההצלה בקנדה לנציגי ישיבת מיר בשנחאי, המודיע על מועד יציאת תלמידי הישיבה משנחאי, 8 באוגוסט 1946
מברק שנשלח בשם ראש ישיבת מיר בשנחאי לוועד ההצלה בניו יורק, בבקשה להנפיק ויזות לקנדה ולארה"ב לכל תלמידי הישיבה, 25 בדצמבר 1945
מברק שנשלח מנציגי ישיבת מיר בשנחאי לוועד ההצלה בניו יורק, ובו בקשה לזרז את העברת בני הישיבה לארה"ב ולקנדה, 28 בפברואר 1946
אישור רפואי שניתן ללייב מלין, תלמיד ישיבת מיר בשנחאי, לפני יציאתו לארה"ב. שנחאי, יוני 1946
טופס רישום פרטים אישיים וכתובת מגורים של לייב מלין, תלמיד ישיבת מיר בשנחאי, במשטרה המקומית, שנחאי, 1943
בין הפליטים היהודים שהגיעו לוילנה היו גם כ-2,400 תלמידי ישיבות ורבניהם, ובהם תלמידי ישיבת מיר ורבניה. מצוקתם הקשה של בני הישיבות העיקה על ארגוני הסעד של וילנה, ואלו פנו לעזרה מבחוץ. בין השאר פנו לארגון הג'וינט שהיה אמון מאז מלחמת העולם הראשונה על גיוס כספים מיהודי ארצות-הברית וחלוקתם לנצרכים יהודים. בעקבות הידיעות על מצב פליטי הישיבות בעיר, הקימו מנהיגי היהדות האורתודוקסית בארצות-הברית ארגון מיוחד לגיוס כספים למען הצלת הרבנים ותלמידי הישיבות – "ועד ההצלה של אגודת הרבנים בארצות הברית".
בקיץ 1940 החלה להסתמן אפשרות ליציאה מליטא: בקובנה, יאן זווארטנדיק, העניק אישורי כניסה לאי קורסאו (Curaçao) שבים הקריבי, אי שהיה בשלטון הולנד. הקונסול היפני בקובנה, סמפו סוגיהרה, סיפק לבעלי האישורים רשיון מעבר דרך יפן. מסלול זה הצריך ויזת מעבר דרך ברית המועצות. קודם שהצליחו בעלי הוויזה לצאת איבדה ליטא את עצמאותה, הפכה לרפובליקה סובייטית והממשל הודיע על סגירת הנציגויות הזרות שפעלו בה.
הקונסול ההולנדי
קונסול הולנד בקובנה הנפיק לפליטים אישורי כניסה לסורינאם, לקורסאו ולמקומות נוספים בים הקריבי שהיו בשליטת הולנד, בידיעתו של שגריר הולנד לארצות הבלטיות ל.פ.י. דה-דקר (de Decker) שישב בריגה. האישורים המיוחדים שהעניק דה-דקר היוו תחליף לאשרות כניסה. עם סגירת הקונסוליה ההולנדית בקובנה סיפק א. מ. דה-יונג (de Jong), הקונסול הכללי של הולנד בשטוקהולם, כ-1,000 אישורים לפליטים שהגיעו לליטא מפולין.
משלחת יהודית בראשותו של זרח ורהפטיג, שהיה באותה עת ראש הוועד הארצישראלי לפליטי פולין, פנתה לסובייטים וביקשה לאשר את יציאתם של הפליטים היהודים. באוגוסט 1940 הגיעה ממוסקבה תשובה חיובית. עד מאי 1941 התירו הסובייטים את יציאתם של הפליטים היהודים מליטא.
הפליטים הצליחו לצאת מליטא תודות להיענותם של הקונסול היפני, סוגיהרה, הקונסול ההולנדי, יאן זווארטנדיק והקונסול הבריטי, גנט, שהנפיק אשרות כניסה לארץ ישראל. כ-2,200 פליטים - ובכלל זה תלמידי ישיבת מיר ורבניה - הגיעו ליפן או עברו דרכה. ישיבת מיר היתה הישיבה היחידה שיצאה בשלמותה מליטא. מן הישיבות האחרות יצאו עוד מאות בחורים ליפן, למרות ההתנגדות העקרונית של ראשי הישיבות ליציאה.
לאחר צירוף וילנה לליטא העצמאית התמקמה הישיבה בקיידאן (Kédainai). לאחר סיפוחה של ליטא לברית המועצות נצטוו אנשי הישיבה לעזוב את קיידאן בנימוק שהיא עיר מחוז. הישיבה התפצלה לארבע קבוצות שהתיישבו בשאט (Shat), קרוקי (Kroki), קרקנאבה (Krekenava) ורמיגולה (Ramygala). במקומות החדשים פעלה הישיבה ללא רשיון אך השלטונות העלימו עין מפעילותה, שיעורי התורה נמשכו כמעט במתכונת הרגילה וראשי הישיבה הצליחו להבטיח את קיומם של הלומדים.
"בין אנשי ישיבת מיר והפליטים האחרים שקיבלו אז היתר לצאת את רוסיה היו לא רק בעלי אשרות לקורסאו כי אם גם בעלי רשיונות כניסה לארצות הברית ורשיונות עליה לא"י. הרב פינקל – ראש הישיבה – ומשפחתו קיבלו רשיון עליה לא"י וקיבלו את היתר היציאה בזכות רשיון זה".
עדותם של הרב חיים שמואלביץ' ורעייתו מרים, ארכיון יד ושם, O.3/3034
אנשי הישיבה יעקב עדרמן, אליעזר פורטנוי ומשה זופניק טיפלו בסידורי היציאה של הישיבה מליטא, בסיועו של זרח ורהפטיג. על כל אחד מהיוצאים היה להתייצב במשרדי הנ.ק.וו.ד. (הבולשת הסובייטית) בווילנה או בקובנה לחקירה פורמלית טרם קבלת היתר היציאה. כמה עשרות סורבו ועוכבו בליטא. לא ידוע על ניצולים מביניהם.
יתר בני הישיבה יצאו בקבוצות של כ-50 איש בדרכם ליפן. מינואר 1941 יצאו 5-6 קבוצות של לומדי הישיבה מווילנה לוולאדיווסטוק (Vladivostok) ומשם לעיר הנמל היפנית קובה (Kobe), שם נתאספו מאות פליטים. את התשלום עבור הוויזה לברית המועצות, בסך 180 דולר לאיש, מימן ארגון הג'וינט. "הנוסעים לקורסאו" לא יכלו להמשיך בדרכם; התברר שאין להם רישיון כניסה לקורסאו כי האישור שקיבלו לא היה למעשה ויזה תקפה. בעלי אשרות לארצות הברית המשיכו בדרכם. בעת שהותו ביפן קיבל הרב חיים שמואלביץ' אשרה לארצות הברית לו ולמשפחתו - אך ויתר עליה כדי להישאר עם תלמידיו ביפן.
גם בגלותה החדשה ביפן המשיכה הישיבה בלימודיה. סיוע הגיע מארגון הג'וינט, מ"ועד ההצלה" בשוויץ ובאמצעות מוסדות יהודיים בארגנטינה. אחרי זמן מה העבירו היפנים את הישיבה ואנשיה יחד עם פליטים יהודים נוספים מקובה לשנחאי שהייתה בשליטתם.
ב-1943 הוכנסו לגטו כל הפליטים היהודיים, אזרחי החוץ שהגיעו לשנחאי אחרי 1937, ובכללם אנשי הישיבה. תושבי הגטו קיבלו דרכונים מסומנים בפס צהוב אך לא נצטוו לענוד סימון שיעיד על יהדותם. פרט לקביעת תחומי מגוריהם לא הוטלו עליהם מגבלות אחרות והם יכלו לנוע מחוץ לגטו לצורך עסקיהם.
לאחר כניעתה של יפן באוגוסט 1945 עדיין לא היתה אפשרות לצאת את שנחאי בגלל קשיי תחבורה. קבוצות קטנות של אנשים הצליחו לצאת אך רוב אנשי הישיבה נאלצו להמשיך ולשבת במקום עד סוף 1946. רוב אנשי הישיבה יצאו משנחאי לארצות הברית, שם התפצלה הישיבה. חלק מהתלמידים נשארו בארצות הברית וייסדו את ישיבתם בברוקלין, וחלק עלו לארץ ישראל יחד עם הרב שמואלביץ' ושיקמו את ישיבת מיר בשכונת בית ישראל בירושלים.