"בעמדי על הגבול בין חיים ומוות, ביודעי שלא אשאר בחיים, ברצוני להיפרד מחבריי ומיצירותיי... את העבודות אני תורמת למוזיאון יהודי שיוקם לאחר המלחמה. היו שלום חבריי, היה שלום עם יהודי. אל תאפשרו שחורבן כזה יחזור על עצמו."
(מתוך צוואתה של גלה סקשטיין, 1 באוגוסט 1942)
רוב היצירות המוצגות במוזיאון לאמנות של יד ושם נוצרו בגטאות, במחנות, ביערות או במסתור. הן מתעדות את חיי היומיום בתקופת השואה וכן מספקות הצצה אל עולמם הפנימי של האמנים. על אף תנאי המחיה הקשים והמאבק היומיומי לשרוד, הצליחו האמנים בתושייתם להתגבר על המחסור בחומרי ציור ודרך ציוריהם ביטאו את עוז רוחם ורצונם לחיות.
לצד הדחף לתעד את חיי היום יום, ניסו האמנים להשתחרר באמצעות הציור מסביבתם האכזרית. בעזרת עיפרון או מכחול הפליגו הציירים אל מחוזות היופי, הדמיון, זיכרונות העבר, ההתבוננות והאמונה. האומנים אפשרו לחבריהם האסירים לשכוח, ולו רק לרגע קט, את קשיי הגטו או המחנה. למרות הבדלי הסגנון בין היצירות ומגוון נושאיהן, כולן מעידות על עוצמת רוח האדם.
התצוגה במוזיאון מסודרת על פי נושאים. קיר הפתיח בכניסה מוקדש לאמנים שהיו פעילים אמנותית לפני המלחמה או במהלכה ונרצחו בשואה.
ארבעה אמנים מקבלים דגש מיוחד בחללים נפרדים ובהם מוצג מבחר מעבודותיהם לצד קורות חייהם המפורטים: קרול דויטש, פליקס נוסבאום, שרלוטה סלומון וברונו שולץ.
התצוגה חושפת את היצירתיות המופלאה של האמנים היהודים בתקופת השואה אשר הותירו עדות ויזואלית ייחודית המאפשרת לנו היום להנציח ולהוקיר את זכרם.
מבנה המוזיאון לאמנות השואה תוכנן על ידי משה ספדי כחלק ממכלול המוזיאונים של יד ושם ובנייתו התאפשרה באמצעות תרומתם הנדיבה של ד"ר מירי ושלדון אדלסון.