הגלריה השלישית במוזיאון עוסקת בפרוץ מלחמת העולם השנייה, בכיבושה של פולין ובמדיניות האנטי יהודית שנאכפה על יהודי המקום. פרוץ המלחמה סימן שלב חדש במדיניות הגרמנית בכלל וברדיפת היהודים בפרט. שלב זה התאפיין באלימות קשה כלפי העם הנכבש ובמסע התעללות, גירוש וערעור בסיס הקיום של יהודי פולין. התערוכה חושפת את המבקר לשורה ארוכה של גזרות ותקנות אשר ניחתו על היהודים כמעט מידי יום: ההפרדה הכפויה מעל סביבתם; הסימון המשפיל שליווה אותם מאז ואילך כאות קלון; עבודות הכפייה הקשות שהיו כרוכות בהשפלה אישית, בפירוד משפחות ובאובדן בנפש. קטעים מיומנו של נער יהודי מלודז', דוד שירקוביאק, מלווים את חלקיה השונים של התצוגה ויוצרים רובד אישי של התייחסות אנושית של אדם צעיר נוכח התהפכות חייו האישיים, המשפחתיים והקהילתיים. התערוכה עוסקת בגורלם של יהודי פולין ככלל, אך רובד תצוגתי מיוחד לגורלם של יהודי לודז', אשר לצד יומנו של שירקוביאק מביאים את סיפורה של קהילה יהודית אחת נוכח הכיבוש.
גלריה זו מציגה נושא שליווה את תקופת המלחמה כולה - גזל הרכוש היהודי, הפרטי והקהילתי כאחד. תופעת הגזל הייתה במידה רבה סמל להיתר שנהג השלטון הנאצי ביהודים: דמם ורכושם הפכו הפקר. דירותיהם של יהודים הוחרמו, חשבונות הבנקים שלהם נחסמו ואוצרות תרבות ואומנות, שנאספו משך מאות שנים, נשדדו. בגטאות נדרשו היהודים להעביר כספים וחפצי ערך לממשל הגרמני.
סיומה של התצוגה בגלריה זו עוקב אחר עליית המדרגה הנוספת במדיניות האנטי יהודית בפולין – סגירתם ובידודם של היהודים בגטאות.
בגלריה זו נעשה שימוש בשפע של חומרים מקוריים כגון כרזות נאציות, חפצים אישיים וקהילתיים שנשדדו מן היהודים, טלאים מאזורים שונים, כמו כן, מוצגים באמצעות מסכים אלבומים של חיילים שצלמו תמונות מגמתיות של יהודים בעיירותיהם. מיוחד במינו בחלל זה הנו אוסף של 300 תצלומים של יהודים מסומנים בטלאי צהוב מעיירה אחת באזור פולין המערבית, כאשר מרביתם, שנספו בשואה, זוהו על ידנו.
