ב-15 במאי 1943 כינס גנס את ראשי קבוצות העבודה והשוטרים ודיווח כי הגטו בסכנה:
הייתי בימים אלה בגסטפו ושוחחתי עם ראש ה-אס-דה (SD). דיברתי עמו על אקדחים וחייב אני לומר לכם שאין הוא שוטה כלל. הוא אמר: הגטו נחוץ מאוד מבחינה משקית, אבל אם תסתכנו כמו טפשים ואם תעמוד על הפרק שאלת הבטחון, מחה אמחה אתכם... לשם מה הזעקתי אתכם? משום שהיום שוב אסרו יהודי בעבור שרצה לקנות אקדח. אינני יודע כיצד יסתיים העניין... אפשר שיקחו את כל הזקנים מבני 60 ומעלה או את כל הילדים... אין הדבר כדאי. כל עוד הגטו הוא גטו נעשה אנו – אלה הנושאים באחריות – את כל מה שאפשר לעשות כדי לשמור על הגטו מפני רעה... עלינו להשגיח איש על אחיו, ואם ימצאו חמומי מח, מחובתכם להודיע למשטרה.
רוז'קה קורצ'אק, להבות באפר, ע' 366-367.
גנס ארגן חיפושים אחר מחסני הנשק של ה-פ. פ. או. בסוף מאי 1943 ביקשו הגרמנים לשלוח 50 עובדים לפוניבז'. בין האמורים להישלח היו אבא קובנר, חיים לזר ובורקה שניידר. ל-פ. פ. או. נודע על כך והם הסתתרו. משטרת הגטו חיפשה אותם - לשווא. ויטנברג פנה אל גנס בבקשה שיוותר עליהם וגנס נענה.
המכה כוונה כהלכה. אבא חי עתה בגטו חיי מחתרת. מחפשים אחריו. מאסרו היה לעניין אמביציה פרטית של דסלר [ראש המשטרה היהודית]... חמישה ימים נמשכו החיפושים ולשווא... דסלר, מלא חימה, נאלץ ללכת בדרך ויתורים.
רוז'קה קורצ'אק, להבות באפר, ע' 157
העימות בין גנס לגלזמן
ב-24 ביוני 1943 עזבה קבוצה מ"קבוצת המאבק של יחיאל" את הגטו ליערות נאצ'ה כדי להצטרף לפרטיזנים שפעלו שם. בין היוצאים היו שוטרים יהודים. גנס ראה בכך ערעור על מדיניותו, חשש שהיציאה תעודד אחרים והחליט לפעול נגד גורמים שעלולים לארגן קבוצות נוספות. למחרת אסר את חבר מטה ה-פ. פ. או. יוסף גלזמן ותכנן להעבירו למחנה ראשה. למטה ה-פ. פ. או. נודע על מאסרו של גלזמן ועשרות חברים גויסו ורוכזו ליד מקום המאסר. כשהובל גלזמן הכבול אל השער תקפו אנשי פ. פ. או. את השוטרים היהודים שהובילוהו ושחררו את גלזמן. גנס החליט לא להפעיל כח. הוא זימן אליו את חברי מטה ה-פ. פ. או. והודיע שגלזמן חייב ללכת לראשה אך יוחזר כעבור זמן מה לגטו. גנס איים שאם לא ייצא גלזמן, לא ימשיכו הוא ודסלר לנהל את ענייני הגטו ומצדו שה-פ. פ. או. ייקח על עצמו את ההנהגה. מטֶה ה-פ. פ. או. ויתר וגלזמן יצא. בפעם הראשונה היתה אוכלוסיית הגטו עדה לאירוע בו הופיע . הציבור צידד בגלזמן ובמשחרריו. כעבור שבועיים הוחזר גלזמן לגטו, לאחר שהמחנה בראשה חוסל. הפרשה חידדה את היחסים בין מְנהל הגטו ל-פ. פ. או.