חברי התנועות והמפלגות דנו בהתנגדות משותפת. ב-21 בינואר 1942 התכנסו בדירתו של יוסף גלזמן, מנהיג בית"ר בליטא, רב סרן איזידור פרוכט מבית"ר, יצחק ויטנברג וחיינה בורובסקה, נציגי הקומוניסטים, אבא קובנר מהשומר הצעיר וניסן רזניק מהנוער הציוני, והקימו "ארגון פרטיזנים מאוחד" - פ. פ. או. (פארייניקטע פארטיזאנער ארגאניזאציע). נקבע כי מטרת ה-פ. פ. או. היא להכין מרד מזוין המוני נוכח כל ניסיון לחיסול הגטו. הוקם מטה בפיקוד ויטנברג ובו היו חברים גלזמן וקובנר. זמן קצר אחר כך הצטרפו לארגון צעירי הבונד ולמטה הצטרפו ניסן רזניק, נציג הנוער הציוני, ואברהם חבויניק, נציג הבונד. בשיאו מנה ה-פ. פ. או. כ-300 חברים שאורגנו בשני גדודים ומפקדיהם היו גלזמן וקובנר.
מימין: לונקה קוז'יברודסקה שיצאה כקשרית לגטו ורשה ונתפסה בידי הגרמנים כשבידה תמונה זו. בעקבותיה נאסרה גם בלה חזן (במרכז) כשברשותה אקדחים ועיתון מחתרתי. השתיים שולחו למחנה אושוויץ כפולניות. לונקה נרצחה במחנה במרס 1943 ובלה שרדה.
הקשרית תמה שניידרמן (משמאל) נסעה עשרות פעמים בין ביאליסטוק לוורשה. תמה נרצחה במהלך האקציה של 18 בינואר 1943 בגטו ורשה.
יד ושם, ארכיון התצלומים 3883/3701
ומי שבגטו ראה כלי הזין
ביד יהודית הדוקה מול הצר –
חזה איך נלחמת עוד ירושלים,
מפֹלת של שחם חומות מיני-כבראברהם סוצקבר, לוחות העופרת מדפוס "ראם" (גטו וילנה, 12 בספטמבר 1943)
מיידיש – בנימין טנא
בתקופת השקט היחסי התארגנה המחתרת למרד. חברי הארגון הבריחו נשק לגטו תוך סכנה עצומה, ייצרו חומרי חבלה בגטו ועברו אימונים בנשק. חברי הארגון שעבדו במפעלים גרמניים חיבלו בנשק ובציוד במקומות עבודתם. ה-פ. פ. או. הקים דפוס מחתרתי בווילנה ואחר כך בשטח הגטו, דפוס ששימש להדפסת כרוזים הקוראים להתנגד לגרמנים. ביולי 1942 חיבלו חברי הארגון ברכבת גרמנית בדרכה לחזית.
ה-פ. פ. או. הפיץ בין הגטאות את רעיון המרד. שליחים - בעיקר נשים - נשלחו מווילנה לגטאות בביאליסטוק ובוורשה כדי לדווח על המתרחש בווילנה ולעודד התנגדות. ניסיונות ליצור קשר עם פרטיזנים או גורמים אנטי-גרמניים אחרים בליטא לא צלחו עד אביב 1943.
בגטו פעלו עוד שתי קבוצות מחתרתיות: "הקבוצה של יחיאל" בראשותו של יחיאל שיינבוים ו"קבוצת המאבק" בראשותו של בורקה פרידמן. שתי הקבוצות התאחדו בתחילת 1943 ל"קבוצת המאבק של יחיאל" שמנתה כ-200 חברים. במאי 1943 החלה "קבוצת המאבק של יחיאל" לפעול עם ה-פ. פ. או.
אנשי המחתרת קיוו שבזכות קשריו האישיים של גנס עם הקומוניסטים שבין חברי ה-פ. פ. או. הם יזכו להתעדכן בהתפתחויות הצפויות. גם לגנס היה אינטרס בקיום קשרים עם המחתרת, לאור התקרבות הצבא האדום לווילנה. באביב 1943 החל מאבק בין גנס ל-פ. פ. או. כתוצאה מריבוי רכישות הנשק ויציאה של קבוצות נוער ליער. בכמה מקרים תפסו הגרמנים נשק אצל יהודים מהגטו והוציאום להורג עם משפחותיהם. עקב אזהרות הגרמנים סבר גנס שפעילות זו מאיימת על קיום הגטו והורה לשוטריו לערוך חיפושים מדוקדקים אחר נשק.
