אקציית המעבר לגטו השני
ב-15 בספטמבר 1941 הודיעה משטרת הגטו שעל כל חסרי "שיין" (תעודת עבודה) בגטו הראשון לעבור לגטו השני עוד באותו ערב. כ-3,000 אנשים התייצבו ליד השער. רק 600 הועברו לגטו השני. האחרים נלקחו לבית הכלא לוקישקי ולפונאר ונרצחו. גם לאחר האקצייה הועברו זקנים וחולים מהגטו הראשון לגטו השני, ובמקביל הועברו בעלי "שיין" מהגטו השני לגטו הראשון.
אקציית יום הכיפורים
ביום הכיפורים, 1 באוקטובר 1941, נערכו אקציות בשני הגטאות. בצהרי היום, כאשר בתי הכנסת היו מלאי מתפללים, נכנסו לגטו השני גרמנים וליטאים בפיקודו של איש האס-אס הגרמני הורסט שוויינברגר (Schweinberger), אספו כ-1,700 יהודים וגירשו אותם ללוקישקי. אחר הצהרים פנה שוויינברגר ליודנראט של הגטו הראשון ודרש 1,000 יהודים עד 7:30 בערב. משלא התייצבו היהודים, נכנסו גרמנים וליטאים לגטו והחלו להוציא אנשים מבתיהם. בעלי "שיין" ומשפחותיהם התייצבו בשער בתחושה שהם מוגנים מפני גירוש. רוב חסרי ה"שיינים" הסתתרו. 2,220 איש התייצבו ונלקחו ללוקישקי, בהם בעלי "שיין". מלוקישקי שוחררו, על פי מקורות שונים, בין 800 לכמה עשרות יהודים על ידי היחידות והמוסדות הגרמניים בהם הועסקו. היו יהודים שהשתחררו תמורת דמי כופר ששולמו לגרמנים ולליטאים. אקציית יום הכיפורים הגבירה את החרדה ואת אי הוודאות בגטו. התברר שה"שיין" הנכסף לא הקנה בטחון לבעליו.
חיסול הגטו השני
באוקטובר 1941 בוצעו בגטו השני שלוש אקציות. באקציה הראשונה נאמר לאנשים שהם מובלים לגטו שלישי בו יש מחסור בעובדים. כשראו האנשים שהם מובלים בכיוון לוקישקי, השתטחו ברחוב וסרבו לזוז.
"בדרך לבית הסוהר קרא משה'קה פרומקין, צעיר בן 18, אל האנשים שהובלו אתו: 'אל תתנו שיובילו אתכם! המלטו לרחובות'! קמה מהומה, נשים שכבו על הכביש, זקנים נשארו מאובנים וצעירים נמלטו. שוויינברגר ציוה לירות. נותרו עשרות הרוגים והאנשים שנותרו בחיים נאלצו לשאתם. אף על פי כן רבים נמלטו".
אברהם סוצקבר, גיטו וילנה, ע' 50
האקציה השניה נערכה בשמחת תורה ואסרו חג סוכות. למרות האקציה הקודמת והעובדה שזקנים וחולים הועברו מהגטו הראשון לגטו השני, עדיין לא היתה תחושה שזה סופו של הגטו השני. אנשים עדיין יצאו מדי יום לעבודה מגטו זה. על פי מקורות יהודיים נלקחו באקציה זו כ-3,000 איש מהגטו לפונאר. באקציה השלישית, ב-21 באוקטובר, גורשו לפונאר כ-2,500 יהודים ונרצחו. כך חוסלו יושבי הגטו השני.
