"החלוץ"
בשנת 1919 אורגנה הכשרה חקלאית בווילנה על ידי צעירים מקרב מפלגת "צעירי ציון", ארגוני הנוער הציוני, תלמידי הטכניון וכן צעירים שעבדו בחווה של חברת "עזרה על ידי עבודה". אמצעי הקיום בחווה היו דלים, והעבודה - קשה. בוגרי ההכשרה יועדו לעלות כחלוצים לארץ ישראל. לאחר כשנה עלו 28 צעירים וצעירות לארץ ישראל. ב-1923 היו בהסתדרות "החלוץ" כאלף חברים בגליל וילנה, מהם כמאה בווילנה עצמה. תנועת "החלוץ" הפכה לזרוע פעילה של מפלגת "פועלי ציון התאחדות". ב-1931 היו לתנועה 52 סניפים. הסתדרות "החלוץ" קיימה בווילנה ימי עיון וסמינרים והקימה קיבוצי הכשרה כגון "שחריה" ו"בנתיב" מהם יצאו חלוצים לארץ ישראל. ב-1932 כבר היו בווילנה 500 חברי "החלוץ".
קיבוץ "שחריה" בווילנה
"שחריה" היה הגדול בקיבוצי ההכשרה בגליל וילנה. ב-1935 היו בו כ-180 חברים, כמעט מחציתם בנות. עד 1934 עברו את ההכשרה ב"שחריה" למעלה מ-500 חברים. חברי הקיבוץ גרו בצפיפות במעונות שהקצה להם ועד הקהילה. הם עבדו לפרנסתם בכל עבודה, מעבודת כפיים ועד עבודות הדורשות השכלה.
הקיבוץ החזיק בית מלאכה לתפירה שקיבל עבודות חוץ וסדנא לנעליים לצרכי החברים. הם זכו לסיוע מחברי הקהילה בווילנה באספקת עבודה ובהקצאת שטח אדמה ומבנים לקיבוץ ליד וילנה, שם סידרו חברי הקיבוץ חווה חקלאית ובית הבראה. חברי "שחריה" אף הקימו מקהלה.
"החלוץ הצעיר"
תנועת נוער שאורגנה בשנת 1923 במטרה להכשיר בני נוער לעלייה. הם הקימו את קיבוץ "הכובש" וקבוצה ראשונה שלו הגיעה ארצה ב-1925. ב-1932 הקימו חברים מהתנועה את קיבוץ "רמת הכובש" שליד כפר סבא. ליד "החלוץ" התארגנו גם ארגוני "החלוץ בעל מלאכה" ו"החלוץ המעמד הבינוני".
"השומר הצעיר"
קבוצות ראשונות של "השומר הצעיר" אורגנו בווילנה בשנת 1920. ב-1922 נוסד קן וילנה של "השומר הצעיר". התנועה משכה רבים מתלמידי בתי הספר העבריים, קיבלה צביון סוציאליסטי והכשירה את חבריה לחיי קיבוץ. חלק מחברי התנועה פרש והקים את "השומר הדתי". חלק אחר הקים את "השומר על שם טרומפלדור", ממנו קם בית"ר (ברית טרומפלדור). התנועה ערכה תערוכה ונשף, הוציאה עיתונות ויומן ופעלה למען הקרן הקיימת לישראל וכן למען הסתדרות "תרבות".
ב-1932, במלאת עשר שנים לקיום הקן בווילנה, קיימו חברי הקן חגיגה במסגרתה הציגו את ההצגה "מסדה" ליצחק למדן. בעיר התארגן קיבוץ "השומר הצעיר" בשם "בנתיב" והתקיימה ועידה גלילית. ב-1937, במלאת 15 שנה לקיום הקן, ערך הקן חגיגה בה נשא דברים ראש הקן, אבא קובנר, הועלתה הצגה ושרה מקהלה. בכל שנה קיימו חברי הקן טיול מחוץ לעיר, בסופו צעדו מאות מחברי הקן ברחובות העיר עם תזמורת ודגלים.
"החלוץ המזרחי"
"החלוץ המזרחי" מייסודה של "המזרחי" קיים כל שבת מסיבות "עונג שבת". בחג פורים 1930 קיים נשף, הציג קומדיה וקיים ריקודי באלט של ילדים. בשנה זו יצאה קבוצה של "החלוץ המזרחי" להכשרה של חמישה חודשים ביערות. ב-1932 קם בווילנה קיבוץ הכשרה של "החלוץ המזרחי" וכן הוקם ועד פעולה למען הקיבוץ.
"גורדוניה"
ליד מפלגת "התאחדות צ"ס" פעל ארגון הנוער "גורדוניה", שקיים מספר מחנות חורף בשנת 1935.
"העובד"
בקיץ 1933 הקים ועד "החלוץ" בווילנה את "העובד", תנועה לסיוע לעליית בעלי מלאכה לארץ ישראל. עד 1934 כבר היו בווילנה 59 סניפים של "העובד".
"העובד הדתי"
ארגון צופים דתיים-לאומיים שסניף שלו, "תורה ועבודה", התקיים בווילנה. חברי הסניף השתתפו בוועידת הארגון בוורשה ב-1934, ועידה שדנה בנסיון להשגת רשיונות עבודה לבעלי מלאכה. לאחר שנה קיימה התנועה בשיתוף "המזרחי" ועידה אזורית בווילנה.
"חירות ותחיה"
הסתדרות נוער ציוני שקיימה פעילויות תרבות, אספה ספרים למען בית הספרים הלאומי בירושלים ואף הקימו חוה חקלאית ליד וילנה, על שטח שנקנה בזכות הלוואה מאור"ט ומהמרכז הציוני בעיר. בשנת 1921 ארגנה "חירות ותחיה" בווילנה ועידה ארצית של תנועות נוער ציוניות.
תנועות נוער, קבוצות נוער וארגוני נוער נוספים שפעלו בעיר היו "השומר" – הסתדרות הצופים על שם יהודה המכבי, "דרור" – איחוד תנועות "החלוץ הצעיר" ו"פרייהייט", "הפועל", "ארץ ודרור", סטודנטים תומכי צ"ס וכן קבוצות נוער לומד.