עשרות בתי כנסת ו"קלויזים" (בתי מדרש) נוספים היו ליד חברות ואגודות בעלי מלאכה. הם נקראו על שם מייסדיהם או על שם רחובות. בין האגודות שהחזיקו בתי כנסת היו כורכי הספרים, סוחרי הסדקית, יוצקי הנחושת, כורתי העצים, הכובענים, הפחחים, האופים וחרטי העץ – במשותף, הנגרים, הזבנים, הפרוונים, הבורסקאים, סוחרי הדגים, מנקי הארובות, המנגנים, הקצבים, החייטים ועוד. למרות שווילנה היתה מרכז של מתנגדים, היו בה מספר בתי כנסת חסידיים, בהם בית כנסת של חסידי חב"ד.
מוסדות דת נוספים שפעלו בעיר היו אגודת "שומרי שבת" שאף החזיקו מספרה מיוחדת, כי כל יתר המספרות בעיר פעלו בשבת; "מענגי שבת", שדאגה לארוחות לשבת ל-500 איש, הן במשלוח לבתים, הן במטבח שפתחה לשם סעודת עניים בשבתות; "חברה קדישא"; "ניחום אבלים", אגודה שאספה תרומות מאבלים עשירים ונתנה תמיכה כספית לאבלים עניים; "טליתות לחתנים עניים", מייסודה של חברת "הכנסת כלה" שנסגרה לפני מלחמת העולם הראשונה; מוסד לתמיכה ביולדות עניות, מוסדות של גמילות חסדים (סיוע לעניים) ועוד.
בווילנה פעל בית דין רבני ובו 12 רבנים. הרבנים ישבו בדין כל יום, חוץ מערבי שבתות וחגים. הם דנו בכל סוגי התביעות והסכסוכים, ואף נוצרים התדיינו בפניהם – פולנים, רוסים, קצינים ובני האינטליגנציה העירונית שהסתכסכו עם יהודים. בתי דין ממשלתיים הסכימו לקבל שבועה שנתנו יהודים בפני בית הדין הרבני.
רבים מרבני העיר, בהם הרב חיים עוזר גרודז'נסקי, היו פרו-ציונים. המנהיג הציוני ד"ר שמריהו לוין כיהן כרב בית הכנסת "טהרת קודש" ("כורלי"). בבית כנסת זה התפללו ליברלים בליווי מקהלתו של דורמשקין ואורגן, ואורתודוקסים הדירו רגליהם ממנו. "ועד הישיבות", מיסודה של "אגודת ישראל", היה מרכז הישיבות הליטאיות והתכנס בווילנה. הוועד תמך בעשרות ישיבות במזרח פולין ובמאות ועדים מקומיים בפולין.
חזנות
חזנים רבים באו לווילנה וביקשו להתקבל לתפקידים בבתי הכנסת בעיר – בית הכנסת הגדול ובית הכנסת הכורלי "טהרת הקודש" - למרות המשכורת הצנועה, כי התואר "החזן מווילנה" פתח בפני בעליו אפשרויות להתקבל לתפקיד בקהילה גדולה ועשירה. ואכן, חזנים שפעלו בווילנה עברו ממנה לוורשה, לאודסה ואף לחוץ לארץ – אנגליה, דרום אפריקה וארץ ישראל. חלק מהחזנים שיצאו מווילנה שבו אליה לימים, להופעות כאורחים. חזנים רבים יצאו גם מבין זמרי המקהלות של שני בתי הכנסת הגדולים בווילנה.