Шестая галерея – самая большая в Музее – представляет две темы: уничтожение европейского еврейства и еврейское движение сопротивления в гетто.
В начале экспозиции - рассказ о массовой депортации евреев из гетто в лагеря смерти, построенные специально для уничтожения евреев, сопровождается отрывками из дневников узников Варшавского гетто. Образ Януша Корчака и детей из детского дома по дороге в лагерь смерти Треблинка стал, без сомнения, одним из символов выставки.
Система лагерей смерти демонстрирует схему, разработанную нацистами для уничтожения людей. В представленных здесь разных типах лагерей подчеркивается соотношение между размером участка земли, на котором был расположен лагерь, и количеством уничтоженных здесь людей. Так, в лагере Треблинка, территория которого составляла 400Х600 метров, было убито почти 900 тысяч евреев.
Целую стену в экспозиции зала занимают списки евреев, депортированных из разных общин, жизнь которых была разрушена.
Один из залов этой галереи рассказывает о многочисленных транспортах из Европы в лагеря уничтожения. В северо-восточном углу галереи – карта депортаций. Как правило, отправляли евреев в вагонах для перевозки скота. Каркас одного из этих вагонов является частью экспозиции и открывает рассказ о самом большом лагере - Аушвице-Биркенау. Внутри вагона установлен дисплей со свидетельствами немногих уцелевших о тяжелом пути и прибытии в лагерь. На противоположной стене – фотографии из Альбома Аушвиц. На них документально запечатлен весь процесс уничтожения. Момент прибытия транспорта с венгерскими евреями, селекция, после которой молодые и здоровые будут отправлены на лагерные работы. Участь остальных – печи крематориев.
С темой массового уничтожения неразрывно связаны организация сопротивления и подготовка восстаний, целью которых было не столько спасение, сколько, как сказал один из активистов подполья, "три строчки в истории". Самым крупным на оккупированной нацистами территории стало восстание в Варшавском гетто. В условиях тотального уничтожения еврейской общины сопротивление узников гетто под руководством молодежной подпольной организации стало проявлением подлинного героизма.