בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בקששה 10,079 יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כ-15 אחוזים. רובם היו סוחרים או בעלי מלאכה, והיו גם כמה בעלי בתי חרושת ופקידים. בקששה היו שתי קהילות יהודיות: אורתודוקסית ונֵאולוגית.
בעקבות חוזה השלום של טריאנון שקבע את גבולותיה של הונגריה בתום מלחמת העולם הראשונה, סופחה קששה לצ'כוסלובקיה. בשנים שבין שתי מלחמות העולם הפכה העיר לאחד ממעוזי הציונות בצ'כוסלובקיה. כמעט כל התנועות הציוניות היו פעילות בה, וגם אגודת ישראל האורתודוקסית.
בעקבות בוררות וינה הראשונה (2 בנובמבר 1938) חזרה קששה לריבונות הונגריה. בחורף 1938/39 גירשו שלטונות הונגריה מאות יהודים חסרי אזרחות הונגרית אל מעבר לגבול החדש בין הונגריה לסלובקיה. באותה העת הם גם כלאו במחנה המעצר בגראנייה (Garany) כמה עשרות יהודים שהואשמו בתמיכה בארגונים ובמפלגות מן השמאל.
בקיץ 1941 גירשו שלטונות הונגריה לאזור באוקראינה שהיה נתון לכיבוש גרמני כ-300 יהודים מקששה שלא יכלו להוכיח שהם בעלי אזרחות הונגרית. המגורשים נרצחו בקמניץ-פודולסקי (Kamenets-Podolsk) ב-27 וב-28 באוגוסט 1941.
פליטים יהודים רבים מסלובקיה ומפולין הגיעו לקששה, וארגונים יהודיים וכן יהודים יחידים סייעו להם במזון, בתעודות מזויפות ולעתים גם בכסף, ועזרו לרובם להגיע לבודפשט. ב-1941 הקימה אגודת הנשים היהודיות בקששה מעון לשישים ילדים וילדות פליטים מסלובקיה.
ב-19 במרס 1944 נכנס לקששה הצבא הגרמני. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 מנו שתי הקהילות היהודיות בעיר כ-7,500 נפשות.
בראש כוחות הס"ס בעיר עמד אוברשטורמפירר שונצירר (Schonzierer). הגרמנים עצרו ארבעים (או מאה, לפי מקורות אחרים) מנכבדי שתי הקהילות היהודיות והחזיקו בהם בני ערובה בבית הסוהר המקומי. בני הערובה שוחררו, בקבוצות, והועברו אל הגטו שהוקם בינתיים בקששה רק אחרי שמילאו הקהילות היהודיות את דרישות הגרמנים.
ב-27 במרס 1944 פקדו הגרמנים על שתי הקהילות היהודיות להקים מועצה יהודית של עשרים חברים. בראשה עמדו עורך הדין ד"ר אקוש קולוש (Akos Kolos), נשיאה האחרון של הקהילה הנאולוגית, וסגנו ד"ר דז'ו ברגר (Dezso Berger), מנהלו לשעבר של בית הספר הנאולוגי. במועצה היהודית היו חברים גם שני יהודים מומרים.
המינהל ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-16 באפריל 1944, עוד לפני שפורסם צו הגטואיזציה מטעם ראש הממשלה ב-28 באפריל 1944, הוקם בבית החרושת ללבנים בקששה גטו ליהודים מיישובים במחוז אבוי-טורנה. ב--20 באפריל 1944 נסגר הגטו, כשהיו בו 4,006 תושבים. לאחר מכן שימש הגטו גם מרכז שילוח של יהודי מחוז אבוי-טורנה. מפקד הגטו היה בתחילה טיבור סו (Tibor Szoo), מפקח משטרה זוטר, ואחריו קצין המשטרה לסלו צטרי (Laszlo Csatary). מטבח ציבורי שפעל בגטו חילק לתושביו צלחת מרק ביום. כמה מתושבי הגטו שהורשו לעבוד בעיר יכלו להביא עמם מזון לגטו. לצורך השמירה על הסדר הוקם בגטו שירות סדר יהודי, בפיקודו של זילברגר, קצין לשעבר בצבא הונגריה.
ב-28 באפריל 1944, בהתאם לצו ראש הממשלה, החל ריכוזם של יהודי קששה בגטו משלהם; 7,833 יהודים אולצו לעקור לגטו העיר, שהוקם בהוראת ראש העיר ד"ר שנדור פוהל (Sandor Pohl) באזור שהתגוררו בו יהודים רבים.
בעבור כאלף יהודים, ובהם בעלי עיטורי הצטיינות ממלחמת העולם הראשונה, פוליטיקאים ובעלי מקצועות נדרשים כגון רופאים, הוקם ב-29 באפריל 1944 "גטו מיוחסים" בדרום-מזרח העיר.
ב-13 במאי 1944 חוסל גטו העיר קששה ותושביו הועברו גם הם לגטו בבית החרושת ללבנים. ב-15 במאי 1944 החל גירוש תושבי הגטו. בשני טרנספורטים שיצאו באותו היום גורשו לאושוויץ 6,680 יהודים מהעיר קששה ומיישובי המחוז. היתר גורשו לאושוויץ בשלושה טרנספורטים שיצאו ב-19 וב-25 במאי וב-2 ביוני 1944.
כמאה יהודים הצליחו להסתתר עוד לפני שהחל ריכוז היהודים בגטאות. אחדים מצאו מחסה אצל תושבי העיר או אצל איכרים בכפרים סמוכים לקששה. עשרות יהודים הצליחו לברוח מהגטו ולחצות את הגבול לסלובקיה או להגיע לבודפשט.
