בראשית שנות השלושים של המאה העשרים חיו בבוברקה יותר מ-1,800 יהודים. בין שתי מלחמות העולם, תחת שלטון פולין, השתקמה הקהילה בהדרגה מן הפגיעות הקשות אחרי מלחמת העולם הראשונה, בעיקר בימי הכיבוש הרוסי, ופעלו בה ארגונים יהודיים מכל קצות הקשת הפוליטית והדתית, מהשומר הצעיר ועד חסידי בעלז.
בחודשים הראשונים למלחמת העולם השנייה כבשו הסובייטים את בוברקה ופליטים יהודים רבים זרמו אליה, אך השלטונות החדשים הגלו את רובם לתוך ברית-המועצות.
ב-30 ביוני 1941 כבש הצבא הגרמני את העיר, וב-2 ביולי נרצחו עשרות יהודים בפוגרום שעשו אוקראינים. באותו חודש רצחו הגרמנים 63 יהודים באשמת שיתוף פעולה עם המשטר הסובייטי. ב-10 ביולי נצטוו יהודי העיר לשאת סרט שרוול שעליו מגן דוד, ונתמנה בעיר יודנרט. במקורות שונים מוזכרים כראשי היודנרט כמה אישים: עורך הדין שכטר (Schechter), פייביש בר (Feibish Bar) ויצחק סוקול (Sokol). הגרמנים החרימו מהיהודים רכוש וגייסו יהודים לעבודת כפייה. מטבח ציבורי שהפעיל היודנרט בבית הכנסת הקל מעט את מצוקת הרעב הקשה. היודנרט הפעיל גם בית חולים ופעל גם לשחרור יהודים שגויסו לעבודת כפייה.
בראשית אוגוסט 1942 ריכזו הגרמנים בעיר מאות יהודים מיישובים קטנים בסביבה, ובהם סצ'ליסקה נובה (Strzeliska Nowe) ושצ'ז'ץ (Szczerzec), והצפיפות בעיר החמירה. כעבור ימים אחדים, ב-12 באוגוסט 1942, גורשו מהעיר למחנה ההשמדה בלז'ץ כ-2,700 יהודים.
לאחר גירוש זה רוכזו כ-1,500 היהודים שנותרו בבוברקה בגטו שהוקם באזור הרובע היהודי. עד מהרה הובאו אל הגטו גם כמה מאות יהודים שגורשו מכפרים ועיירות בסביבה, ובראשית דצמבר 1942 נמנו בגטו כ-1,900 יהודים.
ב-8 בדצמבר 1942 גורשו מבוברקה לבלזץ' כ-1,200 יהודים, ועוד כ-140 יהודים נרצחו במקום. בסוף דצמבר הוקף הגטו בגדר תיל, הניתוק מהסביבה גבר, ובעקבותיו החמירה בו גם מצוקת הרעב והקור. בחודשים הבאים עלתה מאוד התמותה בגטו.
גטו בוברקה חוסל ב-13 באפריל 1943 באקציה שעשתה יחידת גסטפו מלבוב בפיקודו של אריך אנגלס (Erich Engels). הגטו כותר, כל התושבים כונסו בכיכר שלפני בית הכנסת, ונעשתה בהם סלקציה. את מרביתם, ובהם את כל חברי היודנרט, הובילו הגרמנים לכפר הסמוך וולובה (Wolowa) ושם ירו בהם. 159 גברים הועברו למחנה ינובסקה (Janowska) בלבוב; רק ארבעה מהם ניצלו.
המצוד אחר יהודים מסתתרים נמשך, והנתפסים נורו ליד בית החרושת ללבנים. כ-20 מיהודי הסביבה ניצלו במקומות מסתור ביערות או אצל נוצרים.
