ערב הכיבוש הגרמני התגוררו ברסין כ-2,000 יהודים – כשליש אוכלוסייתה. רובם התפרנסו ממלאכה ומסחר. ברסין פעלו בין השאר בית ספר יסודי של רשת "יבנה" וגימנסיה עברית של רשת תרבות, נפתחו בה סניפים של מפלגות ציוניות, של הבונד ושל אגודת ישראל ושל תנועות הנוער שלהן, ופעלו בה מוסדות סעד וצדקה. עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 הולאמו עסקים פרטיים ברסין ונפסקה פעילותן של המפלגות היהודיות. מוסדות החינוך העברי נסגרו, וכ-20 משפחות הוגלו לפנים ברית-המועצות.
הצבא הגרמני כבש את רסין ב-24 ביוני 1941, לאחר הפצצה כבדה. רוב יהודי רסין ברחו מהעיירה בגלל ההפצצה, ובשובם לאחר הכיבוש גילו שרוב הבתים נשרפו ורכושם נשדד, והם נאלצו להצטופף בבתים שנשארו. יום-יום היו הליטאים מוציאים את היהודים לעבודות כפייה שונות. יהודי רסין עברו מסכת השפלות קשה, וכמה נשים נחטפו ונאנסו. כשלושה שבועות לאחר הכיבוש הוכרחו יהודי רסין לשאת טלאי בצבע לבן והוטלו עליהם גזרות נוספות.
כעבור שבוע הצטוו הגברים והנשים היהודים בני 45-15 להתרכז במעין גטו שהוקם בחצרות ובאורוות של מנזר במרחק כקילומטר וחצי מהעיירה. הגטו הוקף בגדר תיל דוקרני ו-40 שומרים ליטאים הוצבו סביבו. גם מי שלא היו חייבים לעבור לגטו שבמנזר הורשו להצטרף לבני משפחותיהם שנכלאו בו, ובסך הכל רוכזו בגטו כ-1,500 יהודים. יתר היהודים רוכזו בבתים אחדים ברחוב אחד בעיירה.
ב-27 ביולי 1941 הוכרחו כל הגברים היהודים לגזוז את זקניהם. לאחר מכן הוצאו מהגטו 393 גברים על-פי רשימות מוכנות מראש והועברו למחצבה סמוכה מלווים במשמר של הליטאים; במחצבה ירו הליטאים בהם ובעוד כ-100 יהודים שהוצאו מבית הסוהר שבעיירה. עוד באותו היום הועברה לגטו קבוצה של משכילים יהודים ושל זקנים וחולים ושהתה בו יומיים. ב-29 ביולי 1941 נשלחה כל הקבוצה למחצבה ונרצחה גם היא. קודם שנרצחו אולצו כמה יהודים לכתוב לנשותיהם פתקים ובהם בקשה לשלוח להם כסף ודברי ערך בידי השוטרים שיביאו את הפתקים, ואמנם נשים רבות מסרו את דברי הערך לרוצחים.
השלטונות הודיעו לתושבי הגטו שהם רשאים להביא את כל בני משפחתם ואת רכושם כדי להתכונן להעברה, והצפיפות בגטו גדלה מאוד. מפעם לפעם היו הליטאים מוציאים מהגטו קבוצות של יהודים, ואלו לא היו שבים עוד. הליטאים היו נכנסים לגטו בלילות, אונסים נשים וגוזלים את רכושם הדל של היהודים. באותה העת מנו תושבי הגטו יותר מ-1,000 נשים וילדים ורק כ-40 גברים.
במחצית השנייה של אוגוסט 1941 התבשרו יהודי הגטו ויהודים מהכפרים בסביבה שעד 27 באוגוסט עליהם לעבור לאחוזת הפריץ בילוויץ' (Biliunu Dvaras), מרחק כחמישה קילומטרים מהמנזר. בסך הכל הועברו לשם כ-2,000 יהודים, רובם נשים וילדים.
ב-29 באוגוסט 1941 הוסעו הנשים והילדים במשאיות אל מקום סמוך לעיירה גירטגולה (Girkalnis). הם הופשטו, נורו ונקברו בבורות. רק יהודים אחדים ניצלו במסתור אצל איכרים.
