בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בשלגוטריאן 1,255 תושבים יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כשישה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. הקהילה היהודית בעיר השתייכה לזרם האורתודוקסי.
ב-1942 גויסו רוב הצעירים היהודים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. הם הוצבו בחזית המזרחית, באוקראינה, ומרביתם נספו שם.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 השתייכו לקהילה האורתודוקסית של שלגוטריאן 1,200 יהודים. מיד לאחר הכיבוש הגרמני נעצרו כמה מיהודי שלגוטריאן והועברו למחנות המעצר שבגראנייה (Garany), נג'קניז'ה (Nagykanizsa) וקישטרצה (Kistarcsa).
המינהל ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. בהתאם ל"צו הקמת הגטאות" שפרסם ראש ממשלת הונגריה ב-28 באפריל 1944, הורה סגן הממונה על מחוז נוגרד, שנדור ניאוגרדי הורבט (Sandor Neogradi Horvath), לסלק את היהודים מכל היישובים במחוז ולבודד אותם ב"אזורי מגורים" נפרדים. יהודי שלגוטריאן רוכזו בגטו בין 3 ל-10 במאי 1944. הגטו הוקם בשלושה אתרים נפרדים בעיר. נוסף על יהודי העיר רוכזו בגטו שלגוטריאן גם 452 יהודים מנפת סירק (Szirak). בהתאם לתקנות המשטרה הותר ליהודים לצאת מהגטו בימי עבודה בין השעה אחת לארבע אחר הצהריים. את הגטו ניהלה מועצה יהודית בראשותו של הסוחר שאמו פרידלר (Samu Friedler), הנשיא לשעבר של הקהילה. בגטו הוקם בית חולים. כשלושים עד ארבעים יהודים מומרים, שהועברו אף הם לגטו, עתרו ב-30 במאי 1944 לראש העיר בלה רטקי (Bela Ratkay) וביקשו רשות להשתתף בתפילות בכנסייה.
ב-31 במאי 1944 חקרו ז'נדרמים הונגרים את תושבי הגטו כדי לגלות חפצי ערך מוסתרים; היהודים נחקרו בעינויים אכזריים ו-16 מהם מתו במהלך החקירות.
בראשית יוני 1944 גויסו גברים יהודים כשירים לעבודה לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה ובכך ניצלו מגירוש.
ב-5 ביוני 1944 עם שחר הועברו תושבי גטו שלגוטריאן למרכז השילוח בָּאורוות שורצות העכברושים של חברת המכרות המקומית. במרכז השילוח הזה רוכזו גם יהודים מגטאות אחרים, וכולם, 3,119 בני אדם בסך הכל, גורשו ממנו לאושוויץ ב-13 ביוני 1944.
