המכון הבין-לאומי לחקר השואה

ערב מלחמת העולם השנייה התגוררו בשקי כ-600 יהודים – כ-20 אחוזים מתושביה. מרביתם התפרנסו ממלאכה וממסחר. בין שתי מלחמות העולם היה בעיירה בנק יהודי עממי. בשקי פעלו מפלגות ותנועות נוער ציוניות וכן אגודות סעד יהודיות. עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ב-1940 הולאמו עסקים פרטיים בשקי ונפסקה פעילותן של המפלגות הציוניות.
הגרמנים כבשו את שקי ב-22 ביוני 1941, וניהול ענייני העיירה עבר לידי הליטאים. מיד פורסמו צווים להגבלת תנועת היהודים והקשר שלהם עם האוכלוסייה הלא-יהודית. הגברים היהודים בני 15 ומעלה רוכזו באסם בקצה העיירה ומשם נשלחו תחת שמירה של ליטאים לחפור בורות בעיר הסמוכה. ב-5 ביולי 1941 הובלו הגברים מהאסם ליער, ונורו למוות בבורות. היו כמה ניסיונות התנגדות של יחידים. לאחר רצח הגברים, הובלו לבורות גם 40 נשים יהודיות ממשפחות אמידות ונורו למוות אחרי התעללות.
הנשים והילדים היהודים שנשארו בשקי רוכזו בגטו פתוח שהוקצו לו כמה סמטאות עלובות. על המקומיים נאסר להביא מזון למכריהם היהודים, ותושבי הגטו סיכנו את חייהם בחיפוש מזון. מפעם לפעם חטפו ליטאים ואנסו נערות יהודיות ואחר כך רצחו אותן.
הגטו חוסל ב-13 בספטמבר 1941; הנשים והילדים נרצחו בבורות ביער עם יהודים מעיירות סמוכות.