המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בשלהי שנות העשרים פעלו ליד וינקובצי שני קולחוזים יהודיים. עד סוף שנות השלושים היה במקום בית ספר יהודי בשפת היידיש. ב-1939 התגוררו בעיירה 1,745יהודים, שהיוו כ-40 אחוזים מכלל האוכלוסייה.
הגרמנים כבשו את וינקובצי ב-11 ליולי 1941. היהודים הוכרחו לשאת טלאי צהוב עם מגן דוד על בגדיהם ולבצע עבודות פרך שונות. במהלך תקופה זו הוקם בוינקובצי גטו שהוקף בגדר תיל, ובכל בית שוכנו מספר משפחות. יהודים רבים עברו התעללות, כך למשל נצטוותה קבוצת גברים יהודיים להרכיב "גשר אנושי נע" כדי שהגרמנים יוכלו לדרוך עליהם בעוברם ברחוב. זקניהם ופאותיהם של היהודים הדתיים, לרב קשישים, נתלשו ונחתכו. על היהודים נאסר ללכת על המדרכות. ב-9 למאי, 1942, בשבת, כ-450 יהודים הוצאו מהגטו ונורו ע"י הגרמנים בגיא ליד הכפר סטניסלבובקה (Stanislavovka), המרוחק כ-10 קילומטרים מהעיירה. קבוצה של בעלי מלאכה שנלקחו תחילה למקום הרצח, הוחזרה לגטו. באותו יום ובמקום זה נרצחו גם כ- 600 מיהודי זינקוב. בקיץ 1942 נלקחו 1,875 יהודי וינקובצי (ככל הנראה יחד עם יהודי הסביבה) מהגטו, ונורו ע"י הגרמנים בשדה ליד הכפר טטרינקה (Tatarinka), הסמוך לעיירה. ב-6 לאוגוסט 1942 נורתה ע"י הגרמנים, ככל הנראה באותו המקום, קבוצה קטנה של יהודים שעוד התגוררו בגטו. לפי אחת העדויות של הניצולים, לאחר הרצח כמה צעירים יהודיים נלקחו למחנה עבודה בפרוסקורוב (Proskurov).
וינקובצי שוחררה בידי הצבא האדום בסוף מרס 1944.