המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בפרוץ מלחמת העולם השנייה חיו בביילסק פודלסקי כ-2,400 יהודים – כמחצית אוכלוסייתה. הם התפרנסו בעיקר ממלאכה ומסחר. בעיירה פעלו מוסדות פיננסיים וארגוני סעד יהודיים. על אף המצב הכלכלי הקשה הייתה בעיירה פעילות ציבורית ותרבותית יהודית ערה, פעלו בה מפלגות ותנועות נוער יהודיות, ובהן תנועות ציוניות והבונד, וכן מוסדות חינוך ודת יהודיים, בית כנסת וישיבה, בית ספר יידישאי ובית ספר עברי של רשת "תרבות".
עם כיבוש ביילסק פודלסקי בידי הגרמנים בראשית ספטמבר 1939 נרצחו שניים מיהודי העיירה. כעבור שבועיים הועברה העיירה לשליטת הסובייטים על-פי הסכם ריבנטרופ-מולוטוב. בימי השלטון הסובייטי הולאמו או נסגרו חנויות פרטיות והוקמו קואופרטיבים. בתקופה זו נהרו לביילסק פודלסקי פליטים יהודים ממערב פולין.
ביילסק פודלסקי נכבשה בשנית בידי הגרמנים ב-25 ביוני 1941. בראשית יולי 1941 נרצחו כשלושים אנשי אינטליגנציה יהודים מחוץ לעיירה. ביולי 1941 חויבו יהודיה לשאת טלאי צהוב והוטלו עליהם הגבלות תנועה. בפקודת הגרמנים הוקמו בביילסק פודלסקי יודנרט, בראשותו של שלמה אפשטיין (Epstein), ושירות סדר יהודי.
בראשית אוגוסט 1941 הוקם בביילסק פודלסקי גטו מגודר ונדחסו לתוכו כ-5,000 יהודים תושבי העיירה וסביבתה. היהודים קיבלו תשלום במזון בעבור עבודות שונות שעשו בשביל איכרים והשיגו מזון גם באמצעות הברחות. רוב השוטרים בשירות הסדר היהודי בגטו לא היו מבני המקום, ועדויות מתארות אותם כמלשינים ולוקחי שוחד.
ב-2 בנובמבר 1942 רוכזו בגטו ביילסק פודלסקי יהודים מכמה עיירות. קצתם גורשו משם למחנה ההשמדה טרבלינקה, והנותרים – כמה מאות, בעיקר בעלי מקצועות נדרשים – נשארו בגטו. בראשית 1943 הועברו בעלי המקצועות הנדרשים לגטו ביאליסטוק.
הגטו חוסל בתחילת פברואר 1943. הקשישים והחולים נרצחו מחוץ לעיירה, ושאר היהודים גורשו לטרבלינקה.