בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בג'ונג'וש כאלפיים תושבים יהודים, ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשמונה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, וסחר היין המקומי נשלט בידי יהודים. בעיר היו שתי קהילות יהודיות, קהילת סטטוס קוו וקהילה אורתודוקסית, ולכל אחת מהן היו אגודות דתיות וחברתיות נפרדות. הילדים למדו בבית ספר יסודי יהודי.
בימי הטרור הלבן שאחרי מלחמת העולם הראשונה פשטו חברי יחידות צבאיות-למחצה על העיר ורצחו שני יהודים.
מיולי 1942, בהתאם לצו של ג'ולה סאבו (Gyula Szabo), סגן הממונה על המחוז, נאסר על היהודים במחוז לקנות מוצרים לפני השעה תשע בבוקר, אף שבשעה זו כבר התרוקנו השווקים מסחורה. המטרה המוצהרת של הצו הייתה למנוע אגירת מצרכים.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי נתוני מיפקד שנעשה בשבוע השני של אפריל 1944 מנתה הקהילה הנאולוגית של ג'ונג'וש 1,356 נפשות, והקהילה האורתודוקסית – 466 נפשות. מיד לאחר הכיבוש עצרו הגרמנים שישה יהודים שהואשמו בקומוניזם; איש מהם לא חזר.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך צווים ותקנות של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-6 במאי 1944 פורסם הצו בדבר הקמת מועצות יהודיות וריכוז יהודי מחוז הווש בגטאות. בראש המועצה היהודית שהוקמה בג'ונג'וש עמד ד"ר ארמין ויידה (Armin Vajda), נשיאה האחרון של קהילת הסטטוס קוו בעיר. יהודי העיר וכן יהודים נוספים מן האזור נצטוו לעקור אל הגטו שהוקם בפרוור הדרומי של העיר, סמוך לתחנת הרכבת. על המעבר לגטו פיקחו ראש העיר ד"ר ג'ולה מקרני (Gyula Makranyi) וסגנו מיקלוש הורניאק (Miklos Hornyak). ב-13 במאי 1944 ננעלו שערי הגטו. הצפיפות בו הייתה גדולה מאוד – כעשר נפשות בחדר.
בתחילה הותר לרופאים ורוקחים יהודים שהועברו לגטו להמשיך בעבודתם בעיר. לאחר השבועיים הראשונים התדרדר מאוד המצב בגטו. רישיונות היציאה הוגבלו, ופרט למעט יוצאים מן הכלל שוב לא התאפשרה היציאה מהגטו. בה בעת השתרר מחסור חמור במזון בגטו. בלשים הונגרים עינו את תושבי הגטו בחיפושיהם אחר חפצי ערך מוסתרים.
ב-1 ביוני 1944 גייס סרן קלמן הורבט (Kalman Horvath), קצין במטה הגיוס במישקולץ (Miskolc) בין 200 עד 300 מיהודי הגטו בלי להתחשב בגילם, ובכך הציל אותם מגירוש. לאחר המלחמה הוכר הורבט חסיד אומות העולם.
ב-8 ביוני 1944 הועברו יהודי גטו ג'ונג'וש לבית החרושת ללבנים בהטוון (Hatvan), וב-12 ביוני 1944 הם גורשו משם לאושוויץ. בעת המסע פרצה בהלה בין המגורשים בקרונות הבקר הדחוסים. כמה זוגות קשישים התאבדו בבליעת רעל.
