ערב מלחמת העולם השנייה חיו בדוקשיצה כ-4,000 יהודים – יותר ממחצית תושביה. מרביתם עסקו במסחר ובמלאכה. בין שתי מלחמות העולם פעלו בדוקשיצה מוסדות סעד, דת, חינוך ותרבות יהודיים, ובהם בית ספר יידישאי, בית ספר של רשת "תרבות" וספרייה יהודית גדולה. מפלגות ותנועות נוער ציוניות, הבונד וכן תא של המפלגה הקומוניסטית הפולנית קיימו פעילות שוטפת. בעקבות כניסת הצבא האדום לדוקשיצה במחצית השנייה של ספטמבר 1939 נפסקה הפעילות הפוליטית היהודית, עסקים פרטיים נסגרו או הולאמו, הוקמו קואופרטיבים, ובבתי הספר היהודיים עברו ללמד ביידיש על=פי תכנית הלימודים הסובייטית. כמה יהודים אמידים הוגלו לברית-המועצות.
הגרמנים כבשו את דוקשיצה ב-9 ביולי 1941, ומיד החלו במקום מעשי ביזה, התעללות ורצח. בית העלמין נהרס וספרי הקודש הועלו באש. היהודים חויבו לשאת טלאי צהוב, הם גויסו לעבודת כפייה וסבלו במהלכה התעללות קשה, והוטלו עליהם הגבלות תנועה ואיסורים מאיסורים שונים. זמן קצר לאחר הכיבוש הוקמו בדוקשיצה יודנרט בראשותו של יעקב בוטוויניק (Botvinik) ושירות סדר יהודי בראשותו של וופרמן (Voperman). על היודנרט הוטל לגבות תשלומי כופר בעבור הגרמנים. בספטמבר 1941 הוצאו להורג בבית העלמין כמה יהודים שהואשמו בקומוניזם.
ב-30 בספטמבר 1941 רוכזו היהודים בגטו מגודר במתחם בית הכנסת (ה"שולהויף") וסביבו. התנאים בגטו היו קשים מאוד ושיעורי התמותה בו היו גבוהים. הגטו גודר בתיל דוקרני והוצבה סביבו שמירה. מפעם לפעם הוצאו להורג יהודים מהגטו. כך לדוגמה הוצאו להורג 65 מיהודי דוקשיצה בחול המועד פסח תש"ב באשמת פעילות פרטיזנית. באותו חודש, אפריל 1942, נשלחו כמה מאות בחורים למחנה עבודה בגלמבוקיה. בגטו הוקם ארגון מחתרת בהנהגתו של יוסף שפירא.
חיסול גטו דוקשיצה החל באקציה שנעשתה במאי 1942 בפיקודו של קצין הס"ס הרטמן (Hartmann), ובמהלכה נרצחו בבית העלמין היהודי כ-400 יהודים. לאחר האקציה צומצם שטח הגטו ופשׂו בו מחלות מידבקות. רבים חיפשו מקומות מסתור.
באקציה שנייה שהחלה ב-29 במאי 1942 נאספו בגטו ובסביבתו ונרצחו מחוץ לעיירה כ-2,650 יהודים; הראשונים שבהם היו חברי היודנרט, השוטרים היהודים ובני משפחותיהם. את האקציה ביצעה יחידת ס"ד בפיקודו של היינץ טנגרמן (Heinz Tangermann) והיא נמשכה שבוע שלם בגלל ניסיונות היהודים להסתתר. במהלך האקציה נמלטו ליערות כ-250 יהודים, וקצתם הצטרפו במרוצת הזמן לפרטיזנים. בגטו נשארו 12 בעלי מלאכה שהשאירו הגרמנים בבית אחד, ואלו שולחו ב-12 בספטמבר 1942 למחנה עבודה בגלמבוקיה.
