המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בין שתי מלחמות העולם חיו בווילקומיר כ-8,000 יהודים – יותר משליש אוכלוסייתה. הם התפרנסו ממסחר, מחקלאות וממלאכה והיו הבעלים של מרבית החנויות והמפעלים בעיר. בקהילה פעלו מוסדות סעד, דת וחינוך יהודיים, ובכללם חדרים, תלמודי תורה וישיבה, שני בתי ספר עבריים וגימנסיה, בית חולים יהודי ועוד. בווילקומיר התנהלה פעילות ציונית מגוונת במפלגות ובתנועות נוער וכן פעילות של אגודת ישראל. על-פי חוק האוטונומיה ליהודים שחוקקה ממשלת ליטא העצמאית, כמה שנים פעל במקום ועד קהילה נבחר של 25 חברים.
עם סיפוחה של ליטא לברית-המועצות בשנת 1940 הולאמו רוב החנויות והמפעלים בווילקומיר. הפעילות הציונית נפסקה, בתי הספר העבריים הוסבו לבתי ספר סובייטיים, וכמה מהם התנהלו ביידיש.
הצבא הגרמני נכנס לווילקומיר ב-26 ביוני 1941, וההתעללות ביהודים ומעשי הביזה החלו מיד. בו בזמן נהרו אל העיר פליטים יהודים מרחבי ליטא בדרכם מזרחה. הגרמנים עצרו פעילי ציבור יהודים והוציאו אותם להורג. עוד כ-200 יהודים נעצרו באשמת שיתוף פעולה עם הקומוניסטים, וב-4 ביולי 1941 הובלו ליער פיבוניה (Pivonija) ונרצחו בידי גרמנים וליטאים.
בראשית אוגוסט 1941 נצטוו היהודים לעבור לגטו שהוקם בשתי סמטאות בשכונת עוני בעיר. הגטו לא גודר, אך הוקף במשמר כבד של ליטאים חמושים. היהודים הוצאו מהגטו לעבודת כפייה, וכמה מהם נרצחו במהלכה.
בין 5 ל-18 בספטמבר 1941 טבחו ליטאים חמושים ביהודי וילקומיר והעיירות שסביבה ביער פיבוניה. חולים, קשישים, נשים וילדים שנותרו בגטו נרצחו ב-26 בספטמבר 1941.
לאחר המלחמה התגלו ביער 6,354 גוויות.