המכון הבין-לאומי לחקר השואה

ערב פרוץ המלחמה חיו בווילקי כ-500 יהודים – כרבע אוכלוסייתה. רוב בתי העסק והמפעלים בעיירה וכן סניף הבנק המקומי היו בבעלות יהודים. יהודים התפרנסו גם מהובלת עצים בנהר הסמוך. בשנות השלושים הלך ופחת מספר היהודים בווילקי על רקע התדרדרות המצב הכלכלי בליטא ומסע התעמולה האנטישמי שיזם איגוד הסוחרים הליטאי Verslas נגד קניות אצל יהודים.
עם סיפוח וילקי לברית-המועצות בשנת 1940 הולאמו החנויות והמפעלים, הפעילות הציונית נפסקה, ומוסדות החינוך העבריים נסגרו.
עם נסיגת הכוחות הסובייטיים מפני הצבא הגרמני השתלטו על וילקי ליטאים לאומנים. הם האשימו את היהודים בשיתוף פעולה עם הסובייטים ופגעו בהם; שני יהודים נרצחו מיד, ועוד 21 יהודים נעצרו והוצאו להורג ב-15 ביולי.
הצבא הגרמני נכנס לווילקי ב-26 ביוני 1941. השלטון הגרמני הטיל על יהודי העיירה מס כבד והחרים רכוש שבבעלות יהודים. יהודי וילקי הצטוו להתרכז בגטו: מקצת הגברים נכלאו בבית המדרש, והנשים והילדים נדחקו לביתו ואסמיו של שמעון פרידלנד. משטרת העזר הליטאית שמרה על היהודים במקומות ריכוז אלו. מפעם לפעם הוצאו צעירים וצעירות יהודים מהגטו ונלקחו לעבודת כפייה.
ב-28 באוגוסט 1941 הובלו כל יהודי וילקי והסביבה אל יער פקרקלה (Pakarkle) הסמוך לכפר יאוצ'קיאי (Jaucakiai), ושם נורו למוות ונקברו בבורות. בסך הכל נרצחו במקום 402 בני אדם.