ערב המלחמה חיו בווירבלן כ-600 יהודים – כ-13 אחוזים מאוכלוסייתה. יהודי וירבלן התפרנסו ממסחר, ממלאכה, מתעשייה ומחקלאות, ובעיירה פעלו בנק עממי בבעלות יהודית ואגודה לאשראי לחקלאים יהודים. בעיירה פעלו מוסדות חינוך מסורתיים, בית ספר עברי, שני בתי כנסת ומוסדות סעד יהודיים, והתקיימה בה גם פעילות ציונית.
עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 הולאמו כל בתי החרושת, ובתחילת יוני 1941 החל השלטון להגלות את משפחותיהם של בעליהם.
הגרמנים נכנסו לווירבלן, הסמוכה לגבול הגרמני, ב-22 ביוני 1941, ומיד שחררו מהכלא אסירים ליטאים. אלה החלו להתארגן בקבוצות כדי לנקום בקומוניסטים וביהודים. אחרי כמה ימים התארגן שלטון מקומי ליטאי, והיהודים נצטוו לשאת את הטלאי הצהוב, נאסר עליהם לעבוד, נאסר עליהם להחזיק מקלטי רדיו, והוטלו עליהם עוצר לילה ועוד הגבלות אחרות.
בין 7 ל-10 ביולי 1941 עצרו הליטאים את כל הגברים היהודים בני 16 ומעלה, הובילו אותם לחווה מצפון לווירבלן ואילצו אותם להעמיק תעלות נגד טנקים שהיו במקום, וב-10 ביולי 1941 רצחו אותם בירי.
אחרי רצח הגברים רוכזו כל הנשים והילדים מווירבלן בגטו. לגטו הובאו גם נשים וילדים יהודים מקיברט (Kybartai). בראש הגטו עמדה רופאת השיניים ד"ר שיינה פוזיסקי (Poziski Sheina). נשים צעירות ונערים הוצאו לעבודת כפייה.
בסוף יולי או תחילת אוגוסט 1941 הוצאו מהגטו כל הנשים הזקנות, החולות והמובטלות, נרצחו בתעלות ונקברו. בשעות הלילה של 11 בספטמבר 1941 נרצחו יתר הנשים והילדים באותו מקום.