בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בזלסנטגרוט 151 תושבים יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשישה אחוזים. רובם היו סוחרים, שלושה היו בעלי בתי חרושת, ואחד היה בעל קרקעות. הקהילה היהודית השתייכה לזרם הנֵאולוגי. בשנת 1941 גויסו גברים יהודים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. ב-21 במרס נכנסו יחידות צבא גרמניות לזלסנטגרוט, ומיד אחר כך נצטוו היהודים להישאר בבתיהם ולא הותר להם לצאת אלא לשעתיים מדי בוקר, לקניית מצרכים. על-פי מיפקד אוכלוסין שנעשה בשבוע השני של אפריל 1944, מנתה הקהילה הנאולוגית של זלסנטגרוט 230 נפשות.
המינהל ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על-פי צווים ותקנות של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-4 במאי 1944 ציווה סגן הממונה על מחוז זלה, לסלו הוניאדי (Laszlo Hunyadi), להקים בזלסנטגרוט גטו ליהודי העיירה וליהודי נפות זלסנטגרוט, נג'קניז'ה (Nagykanizsa), לטנייה (Letenye) ופצ'ה (Pacsa). הצו הבטיח ליהודים חופש פולחן. לכל יהודי הותר להביא עמו אל הגטו מטען במשקל 50 קילוגרם. הוניאדי גם הורה להקים מיד בגטו בית יולדות, בית אבות, בית חולים כללי ובית חולים למחלות זיהומיות. בגטו הוקמה מועצה יהודית של חמישה חברים בראשותו של "מנהיג יהודי" (zsidovezeto).
גטו זלסנטגרוט הוקם ב-25 במאי 1944 ושוכנו בו כ-400 בני אדם, ולמחרת הצטרפו אליהם עוד מאה יהודים. ככל הנראה בסוף יוני הועברו תושבי גטו זלסנטגרוט בעגלות לזלגרסג (Zalaegerszeg), אחד ממרכזי השילוח של מחוז זלה, ומשם גורשו לאושוויץ ב-5 ביולי 1944.
