המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בפרוץ מלחמת העולם השנייה ישבו בטרוקי כ-420 יהודים, שהיו כשמינית מאוכלוסייתה. הם התפרנסו מרוכלות, ממסחר זעיר וממלאכה. בעיירה פעלו מפלגות ותנועות נוער יהודיות, והיו בה בית ספר עברי וספרייה. במחצית ספטמבר 1939 נכבשה טרוקי בידי הצבא האדום, אך כעבור ימים מספר היא סופחה לליטא. עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 הונהגו גם בטרוקי השיטות הסובייטיות בכלכלה ובחיי הציבור.
כשנודע על פלישת גרמניה לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941, נמלטו כמה עשרות מיהודי טרוקי מזרחה.
הגרמנים כבשו את טרוקי בסוף יוני 1941 וכעבור ימים אחדים רוכזו היהודים בגטו. בעיירה חיו גם קראים, ובתחילה נהגו בהם הגרמנים כמו ביהודים, אך בעקבות בירורים הגיעו הנאצים למסקנה שהם בני גזע מונגולי-טטרי וחייהם ניצלו.
גטו טרוקי חוסל בספטמבר 1941. תושביו הובלו לאי באגם טרוקי, הוחזקו שם עם עוד כ-2,200 יהודים מיישובים סמוכים, וב-30 בספטמבר 1941 נורו למוות בידי יחידת רצח ליטאית.