ערב פלישת הגרמנים לברית-המועצות חיו בלבדין כ-180 יהודים.
הגרמנים כבשו את לבדין ב-10 באוקטובר 1941. היהודים חויבו מיד לשאת טלאי בצורת מגן דוד על החזה, ושני יהודים שלא צייתו להוראה זו נִתלו. לפי נתוני המיפקדה הצבאית המקומית נותרו אז בלבדין שמונה משפחות יהודיות.
בדצמבר 1941 או בינואר 1942 רוכזו היהודים במבנה של פנימיית הסמינר למורים. רק לנשים הותר לצאת כדי לקנות מזון. בראשית מרס 1942 נאמר ל-40 היהודים שנשארו בעיירה כי הם מועברים למחנה מיוחד; דברי הערך נלקחו מהם, ולכל אחד מהם הותר לקחת רק מזוודה קטנה. הם הובלו לבור שהוכן מראש, נצטוו להתפשט ונרצחו.