המכון הבין-לאומי לחקר השואה

באמצע שנות העשרים התגוררו באילינצי יותר מ-5,000 יהודים. בתקופת השלטון הסובייטי הצטמצמה אוכלוסיית העיירה במידה ניכרת וערב פלישת הגרמנים חיו בה כ-2,200 יהודים, שהיו יותר ממחצית התושבים בה. בתקופה זו התרחשו תמורות גדולות במבנה החברתי והכלכלי של קהילת אילינצי. מספר היהודים שעסקו במלאכה ובמסחר הצטמצם מאוד: קצתם עברו לעבוד בחקלאות ואחרים היו לפועלים במפעלים ממשלתיים לייצור סוכר, נעליים ועוד. באילינצי פעלו "מועצה יהודית ממלכתית" ובית ספר שהתנהלו ביידיש.
בעקבות פלישת גרמניה לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941 הגיעו לאילינצי פליטים יהודים רבים ממערב אוקראינה, ויהודי המקום ארגנו בעבורם מטבח ציבורי. עם התקרבות הצבא הגרמני נמלטו מקצת יהודי העיירה מזרחה, לתוך ברית-המועצות.
אילינצי נכבשה בידי הגרמנים ב-23 ביולי 1941, וההתעמרות ביהודים החלה מיד. בסוף אוגוסט 1941 רוכזו יהודי אילינצי בגטו פתוח בשכונה ענייה של העיירה וחויבו לשאת סרט שרוול לבן שעליו מגן דוד כחול. במצוות הגרמנים הוקם יודנרט של שלושה חברים. אחד מהם שיתף פעולה עם הנאצים ואף ערך משתאות עם השוטרים האוקראינים.
בנובמבר 1941 רצחו שוטרים אוקראינים ביריות 43 גברים יהודים, רובם דתיים, סמוך לעיירה.
ב-24 באפריל 1942 רצחו שוטרים גרמנים ואוקראינים כ-1,000 מיהודי הגטו ליד הכפר הסמוך גוליקובו (Golikovo). עוד כ-700 יהודים נרצחו ב-28-27 במאי 1942 מחוץ לעיירה.
הנותרים, פרט ל-18 בעלי מקצוע נדרשים, הועברו בסוף 1942 למחנה עבודה קרוב לעיירה. ב-15 בדצמבר 1942 הציתו הגרמנים את בתי הגטו ורצחו את כל המסתתרים בו.