המכון הבין-לאומי לחקר השואה

ערב הכיבוש הגרמני חיו באליטה כ-1,700 יהודים – קרוב ל-20 אחוזים מתושביה. הם התפרנסו ממסחר, ממלאכה ומחקלאות. כ-80 אחוזים מהעסקים באליטה וכמעט מחצית מהמפעלים בה היו בבעלות יהודים. בעיירה פעלו גם בנק עממי ובנק פרטי בבעלות יהודים. היה בעיירה מגוון של מוסדות חינוך יהודיים, ספרייה ותנועות נוער.
עם סיפוח האזור לברית-המועצות ב-1940 הולאמו המפעלים ורוב בתי העסק בעיירה, מוסדות החינוך העבריים נסגרו, ובא הקץ על הפעילות הציונית.
ב-22 ביוני 1941 הפציצו הגרמנים את אליטה מן האוויר. העיירה עלתה בלהבות, ויהודים רבים נהרגו. מיד עם הכיבוש הגרמני נעצרו ונורו כמה מאות יהודים – פעולת תגמול על מות שני חיילים גרמנים. ליטאים לאומנים רצחו בימים הבאים יהודים נוספים: מאות מיהודי העיר הובלו לסובלקי (Suwalki) ונרצחו שם, ועשרות יהודים נשרפו למוות בבית הכנסת.
בעזרתם של הליטאים החל קצין הס"ד יואכים המן (Joachim Hammann) בריכוז היהודים הנותרים בגטו שהוקם באזור העני ביותר של אליטה. יהודי הגטו ניסו להתארגן כדי להקל את חייהם בגטו, אך המאסרים התכופים, ההתעללויות והרציחות מנעו זאת מהם. בסוף אוגוסט 1941 הובלו כ-1,100 תושבי הגטו ליער וידזגיריס (Vidzgiris), ושם נרצחו בבורות בידי ליטאים חמושים. בדוח יגר מצוין כי בין 13 באוגוסט ל-9 בספטמבר 1941 נרצחו באליטה 1,137 גברים, 740 נשים ו-352 ילדים.