ערב הכיבוש הגרמני חיו בפומפין כ-300 יהודים. הם התפרנסו ממסחר, ממלאכה, מרוכלות ומחקלאות. בעיירה פעלו מוסדות חינוך ודת מסורתיים והתקיימה בה גם פעילות ציונית.
עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 נפגעה מאוד פרנסתם של יהודי פומפין, וכל פעילות ציונית במקום נאסרה.
הגרמנים כבשו את פומפין ב-7 ביוני 1941, וכמה ימים אחר כך החלו שוטרים ליטאים להוציא את היהודים לעבודת כפייה, התעללו בהם ושדדו את רכושם. ב-15 ביולי 1941 רוכזו כל יהודי פומפין בשישה בתים של יהודים; הבתים הוקפו גדר תיל והיו למעין גטו, והיהודים הוחזקו בו כחודש וחצי בצפיפות וברעב.
ב-26 באוגוסט 1941 עינו פורעים ליטאים את הרב מאיר יצחק חייט והִכּו אותו למוות. באותו היום הובלו היהודים מהגטו לבורות ביער פיוסט (Pajuoste) ונרצחו שם. משפחות אחדות הובלו לכפר ז'דייק (Žadeikiai) והוצאו שם להורג כעבור זמן קצר.
