בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בפפה 2,613 תושבים יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כ-11 אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. הקהילה היהודית בעיר השתייכה לזרם האורתודוקסי. לקהילה היו בית ספר יסודי יהודי ואגודות חברתיות ודתיות למיניהן. בשנת 1919, בימי הטרור הלבן שלאחר מלחמת העולם הראשונה, נרצחו שניים מיהודי פפה עם כמה קומוניסטים. בשנות השלושים של המאה העשרים פעלו בעיר כמה ארגונים ציוניים.
בשנת 1939 נעשתה פפה מרכז גיוס מקומי לשירות עבודת הכפייה במסגרת צבא הונגריה. בשנת 1941 גויסו לשירות צעירים יהודים מפפה. קצתם הוצבו ברחבי הונגריה; אחרים הוצבו באוקראינה ורק מעטים מהם שרדו.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. מיד לאחר הכיבוש עצרו הגרמנים כמה מנכבדי הקהילה היהודית. הם הועברו למחנות מעצר בשרוור (Sarvar) ובנג'קניז'ה (Nagykanizsa) ומהם גורשו לאושוויץ.
המינהל ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-17 במאי 1944 פרסם סגן הממונה על המחוז, ד"ר אישטוון בודה (Istvan Buda), את צו הגטואיזציה לגבי מחוז וספרם ובעקבות צו זה הוקם הגטו בפפה. לגטו הוקצו שבעה רחובות, ומפקדו היה ד"ר פל לוץ (Pal Lotz), קצין משטרה שנודע לשמצה באכזריותו. היהודים עברו לגטו בין 23 ל-31 במאי 1944 והורשו להצטייד בחפצים אישיים חיוניים ובמצרכי מזון. בגטו שוכנו 2,565 יהודים בצפיפות של 5-4 נפשות בחדר. בראש המועצה היהודית שמנתה חמישה חברים עמד מיקשה קראוס (Miksa Krausz). בגטו הוקם גם שירות סדר יהודי. בהוראתו של אישטוון בודה נסגר בית היולדות של הקהילה. גברים ונשים כשירים לעבודה יצאו מדי יום מהגטו לעבודה בחקלאות. בראשית יוני 1944 נתפסו יהודים מהגטו לשירות עבודת כפייה, ובכך ניצלו מגירוש.
נוסף על גטו העיר הוקם ברובע הצועני שבפאתי העיר גטו ליהודים מהיישובים הסמוכים. בגטו זה, שהוקם בשטחו של מפעל נטוש לייצור דשנים, רוכזו 992 יהודים מנפת דווצ'ר (Devecser), נפת פפה ונפת זירץ (Zirc) שבמחוז וספרם. מפקדו היה קצין הז'נדרמריה ההונגרית זולטן פאפ (Zoltan Pap). באמצע יוני 1944 הועברו לגטו זה גם תושביו של גטו העיר, וקודם שהועברו אליו נחקרו בעינויים כדי להוציא מהם היכן הסתירו חפצי ערך.
ב-5 ביולי 1944 גורשו 3,000 יהודים ממפעל הדשנים לאושוויץ. היתר, 537 בני אדם, הועברו עוד באותו היום לשרוור שבמחוז וש (Vas) ומשם גורשו לאושוויץ למחרת היום. 51 מיהודי פפה ניצלו ברכבת קסטנר.
