ב-1941, עם כיבוש ליטא בידי הגרמנים, חיו בקידן כ-3,000 יהודים – יותר מרבע אוכלוסייתה.
יהודי קידן התפרנסו מחקלאות, ממסחר, מייצוא חקלאי ומתעשייה. בעיר פעלו מוסדות חינוך, דת וסעד יהודיים, ובכללם בית ספר עברי ויידישאי, גימנסיה, ספרייה ובית יתומים גדול. על-פי חוק האוטונומיה שחוקקה ממשלת ליטא העצמאית, בין 1919 ל-1926 נבחר ופעל בעיר ועד קהילה ובו 15 חברים.
עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 הולאמו רוב בתי העסק והחנויות בקידן, הפעילות הציונית נאסרה, ומוסדות החינוך העבריים נסגרו. באמצע יוני 1941 הוגלו עשרות משפחות יהודיות לסיביר.
הצבא הגרמני נכנס לקידן ב-24 ביוני 1941. צעירים ניסו להימלט, אבל רק מעטים הצליחו. מיד עם כניסת הגרמנים לעיר חויבו היהודים לשאת טלאי צהוב, נאסר עליהם ללכת על המדרכות, ונאסר עליהם כל מגע עם הליטאים. זמן קצר אחר כך עצרו הליטאים כ-100 מיהודי העיר בתואנה שהם קומוניסטים ורצחו אותם ביער בבניי (Babenai) הסמוך.
לאחר כמה ימים הוצאו היהודים לעבודת כפייה. מעשי רצח, אונס ושוד נמשכו בלי הפסק. ב-23 ביולי 1941 הובלו כ-200 יהודים ליער סמוך ונרצחו שם בידי ליטאים.
זמן קצר לאחר מכן רוכזו יהודי קידן בגטו במתחם בית הכנסת ובכמה סמטאות סמוכות. הגטו הוקף גדר תיל והופקדה עליו שמירה של ליטאים. לגטו הובאו גם כ-1,000 יהודים מהעיירות הסמוכות שַׁט (Šeta) וזֵ'ים (Žeimiai). יהודי הגטו נדרשו לשלם כופר בסך 350,000 רובל.
ב-15 באוגוסט 1941 רוכזו היהודים בחצר בית הכנסת. גברים בני 14 ומעלה הופרדו מהשאר והובלו לאורוות בפארק סמוך, ושאר היהודים הובלו לשם אחר כך. היהודים הוחזקו תחת שמירה 13 יום, בצפיפות גדולה ובלי הספקת מזון. ב-28 באוגוסט 1941 נרצחו בבורות כמעט כל היהודים הכלואים – יותר מ-2,000 בני אדם – בידי ליטאים חמושים, אנשי משטרה ועובדי רכבת. במהלך הרצח היו כמה מעשי התנגדות. שני גברים יהודים הצליחו להסתתר באורוות, ניצלו והצטרפו אחר כך לקבוצת פרטיזנים.
