המכון הבין-לאומי לחקר השואה

עד סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 התפרנסו יהודי קרקינובה ממסחר ומלאכה, ובקהילה פעלו מוסדות דת וסעד מסורתיים, בית ספר עברי, ספרייה ותנועות נוער ציוניות. בימי השלטון הסובייטי הולאמו רוב בתי העסק והחנויות בקרקינובה, והפעילות הציונית נאסרה.
ערב פלישת הגרמנים לברית-המועצות חיו בקרקינובה כ-60 משפחות יהודיות. לאחר תחילת הפלישה ניסו רבים מיהודי קרקינובה לברוח, אך נעצרו בידי ליטאים והוחזרו לעיירה. הליטאים כלאו את הצעירים היהודים, ולאחר כמה ימי עינויים הוציאו אותם להורג. נערות יהודיות נחטפו, נאנסו ועונו למוות.
היהודים שנותרו בקרקינובה גורשו מבתיהם ונכלאו בתנאים קשים בבית המדרש. יהודי אחד דקר את השומר הליטאי. כעבור כמה ימים הוצאו רוב הגברים לעבודת כפייה בסלילת הכביש לפוניבז', ואחר כך נרצחו שם.
הנשים, הילדים ואחרוני הגברים רוכזו בבית הכנסת ובכמה בתים סמוכים, והאזור הוכרז גטו. הם הוחזקו שם בתנאים מחפירים עד 27 ביולי 1941, ואז הובאו לאתר ליד שדה התעופה בפיוסט (Pajuoste), נורו שם למוות ונקברו בבורות.