هنگام هجوم آلمانها به لیتوانی در ماه ژوئن 1941، حدود 220,000 یهودی درآن کشور زندگی میکردند. یک روز پس از هجوم آلمانها به شوروی، و پیش از ورودشان به لیتوانی, اهالی این کشور اقدام به اعمال وحشیانه و کشتار یهودیان کردند. کمی بعد، آنها هزاران یهودی را با تشویق آلمانها به قتل رساندند.
اشغال لیتوانی توسط آلمانها با کشتار، تجاوز، غارت و شکنجه یهودیان همراه بود. پونار، جنگلی در 10 کیلومتری جنوب ویلنا، تبدیل به قتلگاه و گورستان دهها هزار یهودی شد. آلمانها و لیتوانیایی ها قربانیان را از ویلنا و حومه آن جمع آوری کرده و پس از کشتن آنها به ضرب گلوله، ایشان قربانیان را به داخل گودال ها انداختند. تعداد معدودی از گودال های مرگ نجات یافتند و تعداد کمی از نجات یافتگان توانستند از دست اهالی آن منطقه فرار کنند. از ژوئیه 1941 تا ژوئیه 1944 بیش از 70,000 نفر در پونار به قتل رسیدند، که اکثریت مطلق آنها یهودی بودند.
در 15 اوت 1941، دروازه های گتو در كاوناس (Kaunas) بسته شدند و حدود 20,000 یهودی در فقیرترین قسمت محله سلوودکا (ویلیامپولا) زندانی شدند. نقطه عطف زندگی در گتو در تاریخ 28 اکتبر 1941 اتفاق افتاد. آلمانها، یهودیان گتو را متمرکز کرده و عملیات "گزینش" بی رحمانه ای را انجام دادند. بیش از 9,000 نفر از ساکنین گتو به بندر شماره 99 (قلعه ای در نزدیکی شهر) منتقل شده و همانجا به قتل رسیدند. تا پایان 1941 تنها حدود 40,000 یهودی در لیتوانی باقی مانده بودند و در 4 گتو در شهرهای ویلنا، كاوناس، شوالی (Siauliai) ، شوینسیان (Swienciany) و در چند اردوگاه کار جمع آوری شدند.
در تابستان و پاییز 1943، گتو های ویلنا و شوینسیان برچیده و نابود شدند و گتو ها در كاوناس و شوالی به اردوگاه تبدیل گردیدند. پس از چند ماه حدود 1,200 نوزاد، کودک و سالمند در گتو كاوناس به قتل رسیدند و جوانان بسیاری به اردوگاه های کار در استونی فرستاده شدند. در ژوئیه 1944، در آستانه آزاد سازی كاوناس توسط ارتش سرخ، این دو گتو برچیده و نابود شدند و بسیاری از ساکنان آنها به اردوگاه های آشویتس- بيرک ناو، اشتوتهوف (Stutthof) و داخائو (Dachau) در غرب که هنوز تحت سلطه آلمان بود فرستاده شدند. با تسلیم شدن آلمان در ماه مه 1945 حدود 10,000 یهودی از لیتوانی زنده ماندند و حدود 22,000 یهودی که به شوروی فرار کرده بودند نیز جان سالم به در بردند.
لتونی، که 74,000 یهودی در آن ساکن بودند، در آغاز هجوم به شوروی به دست آلمانها اشغال شد. در پایان ژوئیه 1941 یگان ویژه آلمانی، اینزتس گروپه A، اولین قتل عام یهودیان در لتونی را انجام دادند و تا پایان اکتبر 34,0000 یهودی به قتل رسیدند.
در پایان اکتبر 32,000 نفر از یهودیان ریگا در دو گتو زندانی شدند. در نوامبر 1941 فردریخ یکلن، افسر ارشد اس.اس.، توسط هیملر مامور شد گتو ها را از بین برده و تمام یهودیان لتونی را به قتل رساند. از 30 نوامبر تا 7 دسامبر 1941، 25,000 یهودی در جنگل رومبولا به قتل رسیدند. همزمان یهودیان گتو های دوینسک (Daugavpils) و لیاپایا (Liepaja) نیز به قتل رسیدند.
قبل از جنگ جهانی دوم در استونی – کوچکترین کشور بالتیک- 4,500 یهودی ساکن بودند و حدود نیمی از آنان در تالین پایتخت این کشور زندگی میکردند. در 1940 به دنبال پیمان ریبنتروپ- مولوتوف، شوروی بر استونی مسلط شد. اما در ژوئیه 1941 استونی به دست آلمانها اشغال شد و یهودیان بسیاری به عمق خاک شوروی فرار کردند. کسانی که موفق به فرار نشدند تحت محدودیت های شدیدی قرار گرفتند: آنان مجبور بودند وصله ای زرد رنگ به شکل ستاره ی داوود به لباس های خود وصل نمایند و تمامی اموالشان ضبط شد.
با رسیدن واحد های ویژه اینزتس گروپن (Einsatzgruppen) به استونی، نابود کردن یهودیان با کمک شبه نظامیان راست گرای محلی آغاز شد. تا اکتبر 1941 بیشتر مردان یهودی 16 سال به بالا به قتل رسیدند. در کنفرانس وانزه (ژانویه) 19422 به حاضرین گزارش رسید که استونی "از یهودیان پاک است."