بدنبال اشغال فرانسه و برپائى حکومت يهودى ستيز ويشى در بخش جنوبى فرانسه، اکثر يهوديان شمال آفريقا، حدود 415,000 نفر، مورد اذيت و آزار قرار گرفتند. با ايجاد "فرانسه ملى" به رياست مارشال پتان و اعمال قوانين نژادى مانند حکومت ويشى، وضعيت يهوديان مراکش، الجزاير و تونس به بدى گرایید.
در مراکش، که يهوديان آن دارنده حقوق مدنى بودند، قوانين ضد يهودى به صورت رسمى وضع نشد، ولى دستگاه حکومتى فرانسه يک سرى مقررات ضد يهودى را به اجرا گذاشت.
حقوق یهودیان الجزایری طابع فرانسه از آنها سلب شد. ایشان وادار به حمل علامت تحقیر شدند و حتی برای ورودشان به دبستان ها محدودیت هایی وضع شد.
در ليبى، ايتاليائى ها قوانين نژادى وضع شده در ايتاليا را در سال 1938 به اجرا گذاشته، و دستگاه حکومتى ايتاليائى رفتار خود نسبت به يهوديان را سخت تر نمود. گذرنامه هاى آنها علامت گذارى شد، فعاليت فرهنگيشان محدود شد و هزاران يهودى به اردوگاه ها فرستاده شدند، به ويژه به اردوگاه جادو (JADU) که در آن صد ها تن از گرسنگى و بيماری به هلاکت رسیدند. يهوديان دارنده طابعيت کشور هاى ديگر به اردوگاه های تمرکز در اروپا فرستاده شدند.
در نوامبر 1942 پس از حمله متفقين به شمال آفريقا، ارتش آلمان به همراه يک واحد از افراد اس.اس. که ماموريتشان اجراى سياست ضد يهودى بود وارد تونس شد. مدت کوتاهی پس از مستقر شدن، آلمان ها شروع به مصادره املاک يهوديان نموده و بسيارى از آنان وادار به ساختن استحکامات شدند. مقررات آلمان ها بيشتر متوجه يهوديان پايتخت شد، ليکن جامعه هاى ديگر نيز مانند جربا از رفتار بيشرمانه و بيگارى رنج ميبردند. يهوديان پايتخت وادار به ايجاد نوعى "يودنرات" (شورای یهودی) محلى شدند که ماموريت داشت 5,000 تا 6,000 يهودى را براى ارسال به اردوگاه انتخاب نمايد. در اوايل ماه مى 1943 به دنبال تحولات در صحنه جنگ، نيروهاى آلمانى از آنجا عقب نشينى کردند.
در سال 1934 به تشويق سفير آلمان، دولت ملى گراى عراق قوانين ضد يهودى وضع نمود. در سال 1936 قتل عام يهوديان صورت گرفت، و دولت طرفدار آلمان که در آوريل 1941 تشکيل شد جلوى حمله به يهوديان را نگرفت. در ماه مى 1941 نيروهاى بريتانيا اطراف بغداد را تصرف نموده و در تظاهرات وحشيانه اى که رخ داد 179 نفر يهودى کشته و صدها تن زخمى شدند. دولت جديد آرامش را بازگرداند، ليکن تنش بين مسلمانان و يهوديان ادامه داشت. بسيارى از يهوديان عراق به چين مهاجرت نموده و در شانگهاى اقامت گزيدند.
حاج امين الحسينى، مفتى اورشليم، در سال 1933 از حکومت نازى حمايت کرد. در اکتبر 1938 الحسينى به عراق متوارى شده و در آنجا در سازمان دهى شورش طرفداران نازى ها در ماه آوريل نقش اول را ايفاء نمود. در سال 1941 پس از سرکوبى شورش، حسينى به آلمان گريخت و با نيروهاى محور (آلمان نازى و هم پيمانانش ايتاليا و ژاپن) در جنگ با متفقين همکارى نمود. الحسينى تبليغات ضد يهودى زهر آلودى انجام داد و سعى به تشويق نيروهاى محوری داشت تا طرح نابودى يهوديان را به منطقه خاورميانه و شمال آفريقا توسعه دهند. در بهار 1943 وى یگان هایی از مسلمانان بوسنى کرواسى را تشکيل داد که در چهارچوب نيرو هاى اس.اس. ميجنگيدند.