בספטמבר 1939 סופחה מערב בלארוס לרפובליקה הבלארוסית של ברית המועצות. ב-17 בספטמבר נכנסו טנקים סובייטים למיר.
"הטנקים הסובייטים הגיעו אלינו. ההפתעה היתה כל כך גדולה עד שזקנים וצעירים, גדולים וקטנים, נהרו לרחובות לקבל את פני המצילים שלנו. איש מאתנו לא חשב לטווח הארוך. שמחנו את שמחת הרגע... עוד באותו הערב שמענו ברדיו: האפלה בברלין, האפלה בלונדון, ואצלנו מואר ושמח..."
מרים סוויראנווסקי (מאריאשע לידער), "אין די יארן 1939 – 1941" ספר מיר, ע' 582-583.
לאחר זמן מה הונהגו במיר - כמו בכל רחבי בלארוס - סדרי המשטר הסובייטי שכללו הלאמת הכלכלה, סגירה וחיסול של המוסדות הלאומיים והדתיים, סובייטיזציה בחינוך, פירוק המפלגות ותנועות הנוער הציוניות והיהודיות ועוד. גם ה"בונד" היה פסול בעיני הסובייטים. חברי תנועת "השומר הצעיר" במיר התארגנו והמשיכו בפעילות ציונית במחתרת. קבוצת צעירים חברי תנועות הנוער החלוציות עזבה את מיר והצטרפה ל, שהיתה כעת בשלטון ליטא העצמאית. גם הישיבה המפורסמת על תלמידיה ורבניה עזבה ברובה את מיר והגיעה לווילנה. לאחר גלגולים רבים הגיעה הישיבה לשנחאי ושהתה שם עד תום המלחמה. בנין הישיבה הוחרם על ידי השלטונות והוסב לאולם הרצאות וריקודים.
תנועות הנוער שפעלו בווילנה ב-10 באוקטובר 1939 נודע שברית המועצות מעבירה את וילנה לידי ליטא העצמאית. ידיעה זו שימשה אות לרבים לעבור לווילנה, ובכלל זה מנהיגי המפלגות הציוניות, חברי תנועות הנוער וישיבות על רבניהן. עד סוף אוקטובר היתה התנועה לווילנה חופשית ואלפי יהודים ניצלו זאת. באמצע נובמבר 1939 התייצב הגבול בין ליטא לברית המועצות ונסגר, ומאותה עת נעשתה חציית הגבול רק בהברחה. לווילנה הגיעו 14,000-15,000 פליטים יהודים וביניהם יותר מ-2,600 חברי תנועות הנוער הציוניות. תנועות אלה הקימו מסגרת גג משותפת - "הקואורדינציה של תנועות הנוער החלוציות" - שטיפלה בענייני עבודה ובבעיות כלכליות של חבריה, וכן בנושאי העלייה לארץ ישראל.
