ערב פלישת הגרמנים חיו בבוטרימנץ כ-750 יהודים. רובם התפרנסו ממלאכה, ממסחר ומתעשייה קלה. 96 אחוזים מבתי העסק בעיירה, ובהם שבעה מפעלים, היו בבעלות יהודים. נוסף עליהם פעלו בעיירה בנק עממי, קופת גמ"ח וחברת הכנסת אורחים. ילדי הקהילה יכלו ללמוד בבית ספר של רשת "תרבות" או בחדר מסורתי. רבים מיהודי בוטרימנץ השתייכו למחנה הציוני.
ביוני 1940 סופחה בוטרימנץ, עם כל ליטא, לברית-המועצות. רוב העסקים והחנויות הולאמו. החינוך העברי והפעילות הציונית נפסקו.
לאחר נסיגת הכוחות הסובייטיים בסוף יוני 1941 נכנסו הגרמנים לבוטרימנץ והשאירו בה רק יחידה אחת קטנה. גרמנים וליטאים מקומיים החלו להתעלל ביהודים. באמצע יולי 1941 ניתנה ליהודים פקודה לצאת לעבודה אצל איכרי הסביבה, אולם כמה ימים לאחר מכן, כשעזבו הגרמנים את העיירה, הורו הליטאים ליהודים לשוב לבתיהם.
ב-12 באוגוסט 1941 רוכזו יהודי בוטרימנץ לצורך סלקציה, ומאה מהם הוצאו אחר כך להורג באליטה. בלילה שבין 21 ל-22 באוגוסט נרצחו באליטה עוד כ-115 צעירים יהודים מבוטרימנץ.
ב-29 באוגוסט רוכזו היהודים שנותרו בבוטרימנץ במעין גטו בשני רחובות בעיירה. עם עוד יהודים מהסביבה שהובאו לשם הגיע מספר היהודים בגטו לכ-1,400. ב-9 בספטמבר 1941 רוכזו כולם ברחוב הגובל בכפר קלידז'וניאי (Klidžioniai), ונרצחו שם בידי כ-40 ליטאים חמושים.
