בין שתי מלחמות העולם חיו בבז'ז'ני כ-3,500 יהודים – כשליש מאוכלוסייתה. בעיר פעלו מוסדות סעד ותרבות יהודיים ואגודות ספורט יהודיות. בקרב היהודים בלטה פעילותן של המפלגות הציוניות; יהודים אחרים תמכו באגודת ישראל וכן במפלגה הקומוניסטית הפולנית.
בימי השלטון הסובייטי (22 בספטמבר 1939 עד יוני 1941) פוזרו מוסדות הקהילה, המסחר והיזמות הפרטית הולאמו, ורוב הסוחרים היהודים איבדו את פרנסתם; קצתם אף הוגלו לתוך ברית-המועצות.
לאחר כיבוש בז'ז'ני בידי הגרמנים ב-4 ביולי 1941 ערכו האוקראינים פוגרום בעיר. מספר יהודים נרצחו, רבים נפגעו, ורכוש נשדד. על היהודים הוטלו הגבלות תנועה קשות והם חויבו לשאת סרט שעליו מגן דוד. כעבור שבועות מספר הורו הגרמנים להקים יודנרט בראשותו של ראש הקהילה, הפעיל הציוני שמעון קלרר (Klarer). כדי למנוע פגיעה קשה יותר ביהודי בז'ז'ני נאלץ היודנרט להיענות לדרישות הגרמנים, להחרים רכוש כדרישתם ולגייס עובדי כפייה. הוקם גם שירות סדר יהודי בפיקודו של אלסנר (Elsner).
ביום הכיפורים תש"ב (1 באוקטובר 1941) עצרו הגרמנים, בפיקודו של המושל המקומי הנס אדולף אסבאך (Asbach), 500-700 גברים יהודים, בעיקר אנשי ההנהגה והאינטליגנציה. הם נרצחו כעבור יומיים במחצבה סמוכה. ב=18 בדצמבר 1941, חנוכה, פרצו שוטרים גרמנים ואוקראינים לאזור המגורים של היהודים (על=פי מקור אחד כבר היה במקום גטו) וריכזו בעזרת השוטרים היהודים כ=1,200 יהודים על=פי רשימה שהכין היודנרט מראש. יהודים אלו – בעיקר קשישים, נשים וילדים, נלקחו ברגל ובעגלות ליער סמוך בין בז'זני לפודהייצה (Podhajce), ונרצחו ביריות מקלעים. רוב האקציות ביהודי בז'ז'ני נוהלו בידי יחידת הסיפ"ו מטרנופול בפיקודו של הרמן מילר (Mueller) ו"המומחה" שלו לעניני יהודים, וילי הרמן (Hermann).
בחודשים הבאים נחטפו מפעם לפעם יהודים מבז'ז'ני למחנות עבודה. באביב 1942 הועברו לבז'ז'ני יהודים מכפרי הסביבה.
את האקציה הגדולה שממנה חששו יהודי בז'ז'ני עשו הגרמנים ביום הכיפורים תש"ג (21 בספטמבר 1942): 1,500-1000 יהודים גורשו מהעיר למחנה ההשמדה בלז'ץ ועוד כמה מאות נרצחו במקום.
על-פי מקור אחד החלה התארגנות להקמת הגטו כבר בספטמבר 1941, אך הפקודה שאסרה על יהודים לצאת מתחומו התפרסמה רק בינואר 1942. הגטו נסגר סופית באוקטובר 1942, ורוכזו בו אותם יהודים ששרדו מאקציית ספטמבר.
לאחר האקציה התמנה בבז'ז'ני יודנרט חדש, ובראשו בנימין מיטלמן (Mitelman). מיטלמן נצטווה לפנות בגטו הצפוף מקום לשרידי הקהילות הסמוכות. כעבור כשבועיים פתחו הגרמנים בגטו במצוד אחר גברים, ואלה שנתפסו נשלחו למחנות עבודה.
בין 30 במארס ל=2 באפריל 1943 נעצרו כ=300 יהודים נוספים. הנשים והילדים נורו בבית העלמין הסמוך, ואילו הגברים הועברו למחנה העבודה בקמיונקה (Kamionka). בשבועות שלפני חיסול הגטו הועברו כמה מאות מתושביו לבניין סמוך לגטו, כביכול מחנה עבודה בשירות הגרמנים. ב-12 ביוני 1943 נרצחו ביריות כל שרידי יהודי בז'ז'ני – תושבי הגטו והמחנה גם יחד.
