בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בהיידוננש 1,080 תושבים יהודים, ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשישה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. הקהילה היהודית בעיר הייתה אורתודוקסית. בין השאר קיימה הקהילה בית ספר יסודי ואגודות דתיות וחברתיות למיניהן.
ב-1940 הגיעו להיידוננש יחידות של עובדי כפייה יהודים, והקהילה היהודית הפעילה בעבורם מטבח כשר. בקיץ 1941 גירשו שלטונות הונגריה לאוקראינה הנתונה לכיבוש גרמני משפחה יהודית שלא יכלה להוכיח שהיא בעלת אזרחות הונגרית; בני המשפחה נספו.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 מנתה הקהילה האורתודוקסית של היידוננש 970 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. במאי 1944 הורה סגן הממונה על מחוז היידו, לסלו סילשי (Laszlo Szilassy) להקים גטאות במחוזו. ראש עיריית היידוננש, מיהלי פנצש (Mihaly Pénzes), הורה למנות מועצה יהודית בעיר, וזו אכן הוקמה ב-10 במאי 1944, בראשותו של מיהלי שפיצר (Mihaly Spitzer). במחצית מאי 1944 הוקם גטו היידוננש בבניין בית הכנסת ובסביבתו, והיהודים נדרשו לעבור אליו עד 29 בחודש. בגטו נכלאו כאלף בני אדם. בגטו הוקם שירות סדר יהודי של עשרים איש בפיקודו של הרמן פרידמן. בגטו פעל גם בית חולים ובו 12 מיטות.
ב-17 ביוני 1944 הועברו תושבי הגטו למרכז שילוח בבית החרושת ללבנים שרלי (Serly), בדברצן (Debrecen), ובין 25 ל-28 ליוני 1944 הם גורשו משם – קצתם לשטרסהוף (Strasshof) שבאוסטריה וקצתם לאושוויץ.
