ערב פלישת הגרמנים לברית-המועצות חיו בוובולניק כ-600 יהודים – כשליש מכלל תושביה. הם התפרנסו ממסחר זעיר, ממלאכה, מתעשייה קלה ומחקלאות. מרבית החנויות ורבים מהמפעלים בעיירה היו בבעלות יהודים. רבים מיהודי ובולניק היו ציונים.
עם סיפוחה של ליטא לברית-המועצות ב-1940 הולאמו כל החנויות והמפעלים, תנועות הנוער והמפלגות הציוניות פוזרו, ומוסדות החינוך העבריים נסגרו.
ב-27 ביוני 1941 כבשו הגרמנים את ובולניק. לאומנים ליטאים השתלטו על העיירה, עצרו יהודים רבים ורצחו 86 יהודים בכיכר השוק.
באמצע יולי 1941 נצטוו יהודי ובולניק לעבור לגטו שהוקם בסִמטה באזור עוני בעיירה. הגטו לא גודר, אך הופקדה עליו שמירה של שוטרים ליטאים חמושים. על-פי מיפקד שנעשה במקום חיו בגטו ובולניק כ-600 יהודים, ובהם פליטים מעיירות סמוכות. היהודים בגטו הועסקו בעבודת כפייה.
ב-18 באוגוסט 1941 נצטוו היהודים להצטייד במזון לשלושה ימים ולהתאסף בבית המדרש ובמתחם בית הכנסת. הם הוכרחו למסור את כספם לשוטרים הליטאים, והועברו לעיירה הסמוכה פוסבול (Pasvalys). ב-26 באוגוסט 1941 נרצחו הם ו-1,349 יהודי פוסבול ביער ז'דיק (Zadeikiai), מרחק כארבעה קילומטרים וחצי מפוסבול.
בזמן כליאתם בגטו ובולניק הציע הכומר המקומי ליהודים להתנצר כדי להינצל. 40 או 70 יהודים (על-פי עדויות שונות) קיבלו את הצעתו והוחזקו במקום נפרד משאר היהודים, אבל לא היה בכך כדי להצילם מהרצח.