לפני המלחמה מנתה הקהילה היהודית בווישוגרוד 2,800-2,700 נפשות. הם התפרנסו ממסחר וממלאכה, ואחדים היו בעלים של מפעלי תעשייה. בנק קואופרטיבי סייע בהלוואות ליהודי העיירה, ומוסדות צדקה מסורתיים הקלו על העניים. בווישוגרוד פעלו מפלגות ותנועות נוער ציוניות מגוונות. מוסדות החינוך כללו בתי ספר ממשלתיים, בית ספר של רשת "תרבות" ובתי ספר של "יסודי התורה" ושל "בית יעקב", חדרים ותלמוד תורה. כמו כן פעלה בה ספרייה ציבורית.
ב-3 בספטמבר 1939 החלו יהודי וישוגרוד לנוס מהפצצות הגרמנים, והעיירה נותרה כמעט ריקה מיהודים. סגן ראש העירייה, היהודי לייב גמך (Gamakh), ארגן מיליציה אזרחית של כלל התושבים בעיירה כדי להגן על רכוש הנמלטים. הצבא הגרמני כבש את וישוגרוד ב-9 בספטמבר 1939. ביום השני לכיבוש נחטפו יהודים לעבודת כפייה. לאחר כניעת ורשה ב-27 בספטמבר 1939 חזרו רוב פליטי וישוגרוד לעיירה. באוקטובר 1939 נכללה וישוגרוד בבצירק ציחנאו וסופחה לרייך השלישי.
היהודים הצטוו לשאת טלאי צהוב. בדצמבר 1939 נאלצו היהודים להרוס במו ידיהם את מבנה בית הכנסת, ובמחצית הראשונה של 1940 עד 1941 נהרסו מבנים רבים אחרים – ציבוריים ופרטיים – של הקהילה היהודית, לרבות בית העלמין. יודנרט שהוקם כבר בראשית הכיבוש הגרמני סיפק עובדים לעבודת הכפייה. בשנת 1941 היה יושב הראש היודנרט יצחק בול (Boll). ליד היודנרט פעל שירות סדר יהודי.
בשנת 1940 הוקם בווישוגרוד רובע יהודי פתוח שישבו בו כ-2,500 יהודים. ב-13 באוגוסט 1940 יועדו 120 יהודים מווישוגרוד להישלח למחנה עבודה שהוקם בביילסק (Bielsk); לאחר שסירב היודנרט להכין את רשימת העובדים, שילחו הגרמנים יהודים שבחרו עצמם, לרבות כמה מחברי היודנרט.
ב-6 במרס 1941 רוכזו יהודי וישוגרוד בשוק, וכ-700 מהם, ובהם הרב נפתלי ספיבק, שולחו לאחר סלקציה למחנה המעבר בדז'יאלדובו (Dzialdowo). משם הם הועברו ב-12 במרס 1941 לקילצה (Kielce), ומשם – לסלופיה נובה (Slupia Nowa), שבה שהו בתנאים קשים ביותר. כארבע מאות יהודים חזרו לווישוגרוד. לאחר הגירוש צומצם שטח הגטו, וב-2 באוגוסט 1941 הוא גודר בחוטי תיל ונסגר.
ביולי 1941 לקחו הגרמנים 180-120 יהודים למקום לא ידוע. בקיץ 1941 הועסקו כ-70 יהודים מווישוגרוד בבניית סוללת מגן, בסלילת כבישים ובעבודות עפר. ב-29 בנובמבר 1941 חוסל היישוב היהודי בווישוגרוד לחלוטין. כ-600 מיהודי וישוגרוד שולחו לגטו צ'רווינסק (Czerwinsk) וכ-1,200 לגטו נובי דבור (Nowy Dwor), ומגטאות אלו שולחו כולם לאושוויץ בסוף 1942. על-פי גרסה אחרת, גם אלו ששולחו לצ'רווינסק הועברו לאחר מכן לנובי דבור.
