בין שתי מלחמות העולם ישבו בז'פייניק סצ'יז'ווסקי כ-300 יהודים – כשמינית אוכלוסייתה. הם התפרנסו ממסחר וממלאכה והסתייעו בקופת גמ"ח, ב"ג'וינט" ובחברת סעד מסורתית. בעיירה פעלו מפלגות ציוניות. ב-1918 התחולל פוגרום בעיירה וכמה יהודים נפצעו קשה.
הגרמנים כבשו את ז'פייניק סצ'יז'ווסקי בתחילת ספטמבר 1939.
באוגוסט 1941 הגיעו אליה עשרות יהודים שגורשו מגורליצה ומכפרים סמוכים.
בסוף 1941 הוקם בעיירה גטו. הגרמנים ירו למוות ב-120 מתושביו כבר בתחילת 1942.
הגטו חוסל ב-11 באוגוסט 1942. כ-30 צעירים נשלחו למחנה עבודה בפלשוב (Płaszow), ואת יתר היהודים, 364 במספר, לקחו ז'נדרמים גרמנים מיסלו (Jasło) ומגורליצה ליער דומברי (Dąbry) שליד העיירה וירו בהם למוות.