בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו במונקץ' 13,488 תושבים יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כ-43 אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, אך רבים היו גם פקידים ובעלי מקצועות חופשיים. הקהילה היהודית בעיר הייתה אורתודוקסית והיה בה גם ציבור חסידים.
מ-1921 פעלה בעיר ישיבת מונקץ' הידועה, בהנהגתו של הרב חיים אלעזר שפירא. עם מוסדות הלימוד המסורתיים בקהילה נמנו חדרים ותלמודי תורה. בין שתי מלחמות העולם פעל בעיר בית ספר תיכון ששפת ההוראה בו הייתה עברית. העיר הייתה אחד ממרכזי הציונות באזור.
מונקץ' שבקרפטורוס, שהייתה בעבר חלק מהונגריה, סופחה אחרי מלחמת העולם הראשונה לצ'כוסלובקיה, ואחרי 30 באוגוסט 1940 שבה לריבונות הונגריה. החוקים האנטי-יהודיים שחוקקה הונגריה נאכפו בקרפטורוס בחומרה רבה יותר משנאכפו בהונגריה גופא, ומצבם הכלכלי של יהודי מונקץ' הורע בשל כך.
ב-1940 גויסו רבים מהגברים היהודים לשירות עבודת כפייה בהונגריה במסגרת צבא הונגריה. מ-1942 נשלחו רוב עובדי הכפייה לחזית המזרחית באוקראינה, ורבים מהם נספו שם.
משפחות יהודיות רבות שלא יכלו להוכיח שהן בעלות אזרחות הונגרית הוכרזו בקיץ 1941 חסרות נתינות, ושלטונות הונגריה גירשו אותן לאוקראינה הנתונה לכיבוש גרמני. המגורשים נרצחו בקמנץ-פודולסקי (Kamenets-Podolsk) ב-27 או ב-28 באוגוסט 1941.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 מנתה הקהילה האורתודוקסית של מונקץ' כ-14,800 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. בוועידה שהתכנסה ב-12 באפריל 1944 בראשותו של תת-שר הפנים לסלו אנדרה (Laszlo Endre) ובהשתתפותם של ראשי המינהל של קרפטורוס, נידונו פרטי המבצע לריכוז היהודים בגטאות. בעקבות הוועידה הוקמו במונקץ' שני גטאות: אחד ליהודי העיר ואחד ליהודי המחוז. גטו העיר הוקם בשכונה שהייתה מיושבת בצפיפות ביהודים, ויהודי מונקץ' נדרשו לעבור אליו ב-18 באפריל 1944. הגטו השני הוקם בבית החרושת ללבנים "שיוביץ" (Sajovits) ויועד לכ-14,000 היהודים תושבי מחוז ברג, והם נצטוו לעקור אליו ב-15 באפריל 1944. רובם התגוררו בחצר בית החרושת, תחת כיפת השמים.
שני הגטאות הוכפפו למועצה יהודית אחת בראשותו של המהנדס שנדור שטיינר (Sandor Steiner). בגטו העיר פעל בית חולים, וכמה רופאים יהודים מונו לרופאי הגטו שבבית החרושת כדי לספק לתושביו שירותי רפואה בסיסיים.
ההונגרים, כמו הגרמנים, נהגו לתפוס יהודים לעבודות משפילות מחוץ לגטאות. באחד מימי השבת אילצו הגרמנים את היהודים החסידים להרוס חלק מבניין הישיבה, ובהזדמנות אחרת ציוו עליהם להרוס את בית הכנסת.
במטבח ציבורי שהקימה המועצה היהודית בסוף אפריל 1944 חולקו בכל יום כ-11,000 מנות מזון מבושל, אבל הן לא הספיקו לכולם. בגלל הצפיפות הקשה והרעב פרצו בגטאות מחלות ומגפות.
ב-15 במאי 1944 גורשו לאושוויץ כל תושבי הגטו שבבית החרושת ללבנים, ובהם גם החולים. לאחר מכן הועברו יהודי מונקץ' מגטו העיר לבית החרושת ללבנים, ובין 19 ל-24 במאי 1944 גורשו משם לאושוויץ גם הם.
